1975년에 도입된 관세환급제도는 그 이전까지 수출 지원 정책으로 시행되던 사전면세제도를 대체한 제도이다. 사전면세제도의 목적은 수출용 원재료에 대해서 관세를 사전에 면제해 줌으로써 국내 수출 기업을 지원하기 위한 것이었다. 사전면세제도는 1960년대까지 우리나라의 교역 규모가 작고 단순가공무역 단계에 있던 국내 산업의 수출 증대에 크게 기여하였다. 그러나 그 후 우리나라의 교역량이 급속하게 증대하고 국내 산업이 발전함에 따라 사전면세제도는 여러 문제점을 야기하였다. 우선 중간 원재료의 국내 거래가 다단계로 복잡해짐에 따라 사후 관리가 사실상 불가능하게 되었다. 그리고 이 제도는 국내에서 생산이 안 되는 원재료뿐만 아니라 비교적 가공도가 높은 중간재의 수입을 유발하였으며, 이에 따라 대부분의 수출은 단순가공형태를 벗어나지 못하고 외화 가득률은 낮은 수준에 머물게 되었다. 이러한 문제점으로 인해 1975년 7월 1일부터 사전면세제도를 전면 폐지하고 관세환급제도를 시행하게 되었다.
현재 우리나라의 관세환급제도는 크게 개별 환급과 정액 환급으로 나눌 수 있다. 개별 환급은 환급을 신청하는 자가 원재료별로 납부 세액을 계산하여 환급액을 산출하는 제도이다. 현재 우리나라 관세환급제도에서는 개별 환급을 기본으로 한다. 개별 환급 방법은 수출 물품 생산에 어떤 원재료가 얼마만큼 소요되었는지를 먼저 파악한 다음, 이들 중 수입된 원재료에 대해 그 원재료가 수입될 때 납부한 관세가 얼마인가를 계산하는 방법으로 환급액을 산출한다. 따라서 환급액 계산이 보다 정확하게 된다는 장점이 있다. 그러나 이러한 정확성을 장점으로 갖추기 위해 개별 환급 제도는 복잡하다는 단점도 함께 가지고 있다. 정액 환급 제도는 간편한 환급을 위해 평균 개념을 채택하여 정부가 고시하는 금액을 환급하는 제도이다. 정액 환급 제도는 환급 절차를 간소화할 수 있다는 장점이 있는 반면 개별 기업의 입장에서는 필연적으로 과다 또는 과소 환급의 문제가 발생하는 단점이 존재한다.
관세환급제도는 수출 지원 효과와 함께 사후에 관세를 환급받음으로써 제반 비용이 발생하기 때문에 이런 부담이 없는 국산 원재료를 사용하게 하는 인센티브도 제공한다.