갑오개혁 시기인 1895년부터 1896년 사이에 정부 각부의 총무 행정을 담당하던 관서이다. 정부의 각부에 소속되어 기밀에 관한 사항, 관리의 진퇴와 신분에 관한 사항, 대신의 관인(官印)과 부인(部印)의 간수에 관한 사항, 공문 서류와 성안 문서의 접수 · 발송에 관한 사항, 통계 보고의 조사에 관한 사항, 공문 서류의 편찬과 보존에 관한 사항, 기타 각 관제에 의하여 특별히 대신관방의 관장에 속하는 사항 등을 맡아보았다.
대신관방 및 각 국(局)의 분과는 각부 대신이 안건을 만들어 내각회의를 거쳐 결정하였다. 대신관방의 사무와 심의 안건은 주임(奏任)급인 참사관(參事官)이 담당하였는데, 대신 또는 협판의 명을 받아서 각 국 및 과(課)의 사무를 보조하였다.
참서관(參書官) 중 1인은 대신 비서관을 겸임하게 하여 기밀사무를 맡겼다. 대신관방 및 각과의 과장은 주임관 혹은 판임관(判任官)으로 임명하여 상관의 명을 받아 과무(課務)를 맡게 하였다. 전체 대신관방의 사무는 총리대신 비서관이 총괄하였다.
1896년 2월, 아관파천 이후 정치기구가 종래의 내각 체제에서 의정부 체제로 다시 재편되자 그해 10월 9일부로 1등국인 의정부 총무국으로 기능이 이전되었다. 이때 업무 사항에 조칙과 법률 규칙의 원본 보존, 의정부 소관 도서의 구비와 보존 출납 및 목록 편찬, 출판, 통계표 제작, 회계와 물품 보존, 관보 및 직원록의 편찬 발매 등이 추가되었다.