관리의 규찰과 함께 관료의 임명과 해임, 법률의 제정, 국정에 관한 상소를 확인하는 역할을 담당하였다.
도찰원에는 좌찬성이 겸임하는 원장 1명을 비롯하여, 사헌(司憲) 5명, 주사 10명을 두었다. 1894년 7월 사헌을 도헌(都憲)으로 고치고 정2품으로 하였다. 또한 충훈부(忠勳府)는 기공국(紀功局)으로 고쳐 의정부 산하 도찰원에서 관리하도록 하였다. 각 사(司)의 서리(胥吏) 선발과 함께 회계심사국 직무도 제정하였다.
회계심사국장은 도헌들 중에서 겸임하게 하였고, 서기관과 심사관도 도찰원 주사 중에서 겸임하도록 하였다. 한편 관원들의 상소 중에서 사직(辭職)과 대책을 올리거나 문제를 논의한 것 외에 관리의 허물에 대해 올린 것을 조사하였다. 법무아문에서 제정한 새 율령과 규례에 대한 가부(可否)를 평가하여 결정하였다.
1895년 4월 아문 체제가 내각 관제로 개편되면서 폐지되고, 도찰원의 관리인 도헌은 내각 총서(總書)로 개칭되었다.