별군은 조선 전기, 태종 때 창설한 화기 전문 부대와 성종 때 조직한 국왕 호위 부대의 명칭이다. 태종 때 등장한 별군은 군기감 소속으로 양인으로 구성되었다. 노역에 동원되면서 전문성이 떨어지자 총통위가 창설되어 별군의 기능을 대신하게 되었고, 지방군 강화책에 따라 정병으로 전환되면서 별군은 소멸하였다. 성종 때 국왕 호위를 강화하고자 군기감 별군과 동일한 명칭의 별군을 국왕 호위 부대로 창설하였다. 성종 때 별군은 상설 부대는 아니었고 국왕이 거둥할 때마다 기병과 보병을 차출하여 호위 부대 역할을 수행하게 하였다.
태종 때 등장한 화기(火器) 전문 부대였다. 고려 말에 화기 발명에 힘입어 1378년(우왕 4)에 화통방사군(火㷁放射軍)이라는 화기 전문 부대가 출현하였다. 이 부대는 조선에 들어와 공노비로 구성된 화통군(火㷁軍)으로 개칭되었다. 화통군은 각종 노역에 동원되다가 1410년(태종 10)에 소멸하였는데, 대신 등장한 것이 군기감(軍器監) 소속의 별군이었다.
별군은 화통군과 달리 양인(良人) 중에서 선발하였다. 본래부터 별군역(別軍役)에 동원된 1,000명 정원의 원속(元屬) 별군과 다른 병종에서 옮겨온 이속(移屬) 별군으로 구성되었다. 봉족(奉足)을 지급받고 거관(去官) 후에는 군관(軍官)으로 임용되는 등 국가로부터 일정한 대우를 받았다.
그러나 이들 역시 각종 노역에 동원되면서 전문성이 떨어지게 되자, 1445년(세종 27) 총통위(銃筒衛)라는 별도의 화기 전문 부대가 출현하였다. 문종 대 이후 지방군 강화책으로 별군은 번상이 폐지되어 정군(正軍) · 정병(正兵)으로 전환되면서 소멸하였다.
1489년(성종 20)에 임금이 거둥할 때 국왕 호위를 강화할 목적으로 만든 부대였다. 영별군장(領別軍將)이라 불리는 당상관 2명이 이들을 통솔하였다. 별군은 상설 조직이 아니어서 국왕이 거둥할 때마다 기병 100명과 보병 100명을 차출하여 구성하였다.
국왕이 거둥할 때 영별군장 2명이 각각 반씩 거느리고 어가(御駕) 가까이에 위치한 청로대(淸路隊) 바깥에서 호위하였다. 성종 사후 관련 기록이 없는 것으로 보아 성종 때만 존재한 국왕 호위부대였던 것으로 추정된다.