대한불교조계종 제7교구 본사인 수덕사(修德寺)의 말사이다. 본래 옥양봉 남쪽 기슭에 있던 가야사(伽耶寺)를 승계하여 1871년(고종 8)에 창건하였다.
가야사에는 금탑(金塔)이라 불리는 지극히 빼어난 철첨석탑(鐵尖石塔)이 있었고, 그 탑의 사면에는 석감(石龕)이 있어 각각 석불이 봉안되어 있었다. 그러나 이 절의 터가 왕손을 낳게 한다는 풍수설에 의하여 흥선대원군(興宣大院君)이 1840년(헌종 6)에 가야사를 불사르고 아버지인 남정군(南廷君) 이구(李球)의 묘를 썼다. 그 뒤 아들 고종이 보위에 오르게 되었으므로 그 보은의 뜻으로 현 위치에 절을 짓고 보덕사라 하고 벽담(碧潭)을 주지로 삼았다.
6·25 때 소실되었으나 1951년 2월에는 비구니 수옥(守玉)이 중창하였고, 1962년에는 비구니 종현(宗顯)이 증축하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 극락전과 칠성각 · 요사채 등이 있으며, 현대식으로 지은 2층의 강원(講院)이 있다. 극락전 앞에는 2014년 충청남도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정된 보덕사 석등이 있고, 절 옆 70m 지점에는 관음암(觀音庵)이 있으며, 고려시대의 것을 모방하여 최근에 세운 비구니 묘리(妙理)의 법희선사탑(法喜禪師塔)과 비가 있다.