방정환(方定煥)이 중심이 되어 1923년 3월 16일 발족하여 5월 1일 일본 동경에서 창립되었다. 창립준비회에 참가한 사람은 방정환 외 강영호(姜英鎬) · 손진태(孫晉泰) · 고한승(高漢承) · 정순철(鄭順哲) · 조준기(趙俊基) · 진장섭(秦長燮) · 정병기(丁炳基) 등 8명이었고, 그 뒤 윤극영(尹克榮) · 조재호(曺在鎬) · 최진순(崔晉淳) · 마해송(馬海松) · 정인섭(鄭寅燮) 등이 가담하였다. 소년운동단체로는 이보다 앞서 1921년 역시 방정환이 주동이 되어 ‘천도교소년회’가 창립되어 1922년 5월 1일 ‘어린이의 날’을 제정하여 행사를 벌이는 등 활동하였으나 본격적인 운동은 이 색동회로부터 시작되었다.
1923년 매년 5월 1일을 ‘ 어린이날’로 확대, 정착시켜 어린이운동을 통해서 독립정신을 고취한 일을 들 수 있다. 그 해 7월 23일 천도교 대강당에서 색동회 주최로 아동문제강연회 및 아동예술강습회를 개최하였고, 1924년의 어린이날에는 가극공연 · 강연회 · 동화회 · 동요회 및 민속공연 등 다채로운 행사를 가졌다. 1928년 10월 2일 색동회와 어린이사의 공동주최로 세계아동예술전람회를 개최하는 등 해마다 여러 행사를 열었다.
그러나 1930년에 접어들면서 일제의 탄압이 더욱 가혹해진 데다가 1931년 방정환의 별세로 활동이 침체되었다. 동인들 가운데는 친일 행각을 한 이들도 생겨 완전히 소멸되었으나, 광복 후 조풍연(趙豊衍)의 주선으로 흩어졌던 회원들이 다시 모여 『어린이』지를 복간하는 한편, 어린이날도 ‘메이데이’와의 중복을 피해 5월 5일로 변경하여 여러 가지 행사를 벌이면서 1957년 ‘어린이헌장’ 제정 선포에 앞장섰다.
그 뒤 색동회는 뚜렷한 활동이 없이 미미하게 명맥만 이어가다가 1967년 어린이날을 기하여 새 출발을 다짐하고, 1971년 7월 23일 남산에 방정환의 동상을 건립하였다. 1976년 11월 제1회 전국어머니동화구연대회를 개최한 이래 매년 계속되며, 여기 입선한 사람들이 ‘색동어머니회’를 조직하여 전국어린이동화구연대회를 개최하고 있다. 1995년 11월 그간의 어린이를 위하여 펼친 공적이 인정받아 덴마크 레고그룹에서 수여하는 ‘레고상’을 수상한 바 있다.