국가권력의 무절제한 남용으로 근세 초까지 개인의 내심의 자유는 억압되어왔다. 근세 초 인도주의 안에 양심의 자유는 인간의 존엄과 신앙의 자유와 함께 주장되어 바이마르헌법 등 근대헌법전에 규정되기에 이르렀다. 우리 나라도 <헌법> 제19조에 “모든 국민은 양심의 자유를 가진다.”고 규정하고 있다.
양심의 자유는 인권사상의 근원 내지 핵심인 인간의 존엄과 가치에서 파생한 내면적 정신활동의 자유로서, 어떤 경우에도 제한받지 않는 주관적 공권이다. 따라서 국회의원의 양심, 법관의 양심과 같은 직업적 양심과는 그 성질이 다르다. 내용은 다음과 같다.
① 양심상 결정(형성)의 자유가 있다. 즉, 자신의 도덕적·논리적 판단에 따라 ‘옳다’, ‘그르다’라는 확신을 말한다. 이러한 양심상의 형성의 자유는 절대 보장되므로, 양심상의 결정과정에 국가권력이나 타인이 관여하여 그 결정을 방해하거나 일정한 양심상의 결정을 하도록 강제할 수 없다. 이것은 결국 ‘알 권리’, ‘읽을 권리’에 연결된다.
② 침묵의 자유가 있다. 이 자유는 자기의 양심상의 결정을 외부에 대하여 표명하도록 강제받지 않는 자유이다. 침묵의 자유는 자기에게 불리한 진술거부권인 묵비권과 구별된다.
③ 양심추찰(良心推察:忠誠審査)의 금지가 있다. 본인에게 일정한 외면적 행위를 하게 함으로써 양심을 추찰하는 것은 금지된다. 양심의 자유의 효력은 대국가적 공권으로서 소극적인 침해배제청구권으로 기능한다.
또 사인(私人) 상호간에도 미친다. 즉, 사인에 의한 양심의 자유를 제약하는 내용의 법률행위는 사회적 타당성을 상실하며, 민법상의 공서양속에도 위반된다.
양심의 자유의 제한기준에 관해서는, ① 내심에 그치는 한 절대적으로 자유라는 내면적 무한계설(內面的無限界說), ② 내심에 그치는 외에 조건이 외부에 나왔을 때도 자유라는 절대적 무한계설, ③ 내심에 그치는 양심이라도 거기에 일정한 한계가 있다는 내재적 한계설이 있으나, 이 중 내면적 무한계설이 통설이고 타당하다. 따라서 반체제의 사상도 양심상의 결정 단계에 머물러 있고 외부에 표현되지 않는다면 규제할 필요가 없다.
양심의 자유의 주체는 자연인에게만 인정되고 법인에게는 인정되지 않는다. 양심의 자유의 제한은 모든 정신활동의 자유에 대한 전제가 되므로, 지나친 제한은 곧 인간의 존엄과 가치를 침해하는 것이며 본질적 내용의 침해가 되므로 그 한계는 중요성을 가진다.
양심의 자유에 반하는 행위의 강제금지로서는 판례증언거부권의 인정, 신문기자의 취재원에 관한 진술거부권, 사죄판결을 명하는 판결(찬·반이 있음)과 양심적 병역거부 불인정 등이 있다.