목포에서 서북쪽으로 28.5㎞ 떨어져 있으며, 동남쪽 2.3㎞ 지점에 암태도가 있다. 동경 126°03′, 북위 34°53′에 위치한다. 면적은 52.19㎢, 해안선 길이는 56.8㎞이다. 2007년 말 현재 인구는 2,534명(남 1,289명, 여 1,245명)이고 세대수는 1,237호이다.
남서쪽 해안의 백길해수욕장과 섬 서쪽의 자은용소가 유명하다.
임진왜란 때 명나라 장군 이여송(李如松)을 따라 참전했던 두서춘(斗四春)이 반역으로 몰려 이곳 자은도로 피신하게 되었다. 두서춘이 섬에 들어와서 보니 지형·지세에 모난 곳이 없고 사람들의 인심이 좋고 온후하여 생명을 보존할 수 있었는데, 훗날 이에 대한 기억으로 섬의 이름을 자은도라 불렀다고 한다.
노령산맥의 지맥 말단이 침수되어 나타난 섬으로 동북부에는 두봉산(斗峰山, 364m) 등의 구릉성산지가 발달하고 있다. 또한 남부에는 간석지를 이용한 비교적 넓은 평야가 발달하고 있다.
지질은 주로 산성화산암류로 구성되어 있다. 1월 평균기온 0.8℃, 8월 평균기온 26℃, 연강수량 984㎜, 연강설량 6.2㎜이다. 식생은 난대성식물인 북가시나무·녹나무·후박나무·동백나무·구실잣밤나무·사철나무 등이 자라고 있다.
삼국시대에는 나주목에, 1882년(고종 23)에는 영광군에, 1886년에는 지도군에, 1914년에는 무안군에 속하였다가 1969년에 이르러 신안군에 속하게 되었다. 고려 시대에는 전라남도 서남부의 최대 수군 주둔지였으며, 두봉산에 아직 산성이 남아 있다.
조선 시대에는 목장으로 말을 사육하였으며, 일제 강점기 때는 일본 수군 진지로 이용되었다. 구영리에 복룡사가 있고, 유천리에 도명사가 있다.
주민들은 어업 보다는 주로 농업에 치중하며, 2007년 말 현재 경지 면적은 논 7.76㎢, 밭 10.19㎢, 임야 29,13㎢이다. 주요 농산물로는 쌀·보리의 생산이 많고 그 밖에 양파·대파·마늘·콩·땅콩·밤고구마 등이 생산된다. 특히 마늘 생산량이 많다. 최근에는 방울토마토 생산이 새로운 소득원이 되고 있다. 근해에서 민어·농어·병어·송어·낙지·장어·젓새우가 어획되며, 김·백합·굴 등의 양식업이 활발하고 제염업도 발달하였다.
백길해수욕장, 분계해수욕장이 있고, 전통적인 어업 형태인 한우리 독살(石防簾)이 남아 있다.
교육 기관으로는 자은초등학교와 자은중학교가 있다. 1996년 암태도와 자은도 사이에 은암대교가 개통된 이후 자은도 접근이 용이해졌다.