종교의 자유는 신앙의 자유, 종교적 행위 · 의식 · 집회 · 결사의 자유, 선교의 자유 등을 내용으로 한다. 종교를 가지지 않을 자유, 종교적 집회 · 결사에 참여하지 않을 자유, 개종할 자유 등도 포함된다. 종교교육의 자유도 보장되며 국공립학교에서 여러 종교에 대한 일반적 종교교육은 가능하나 특정 종교를 위한 교육은 금지된다[「교육기본법」 제6조 2항]. 사립학교의 경우 종립학교를 설립할 자유도 인정된다.
종교의 자유가 침해될 소지를 미리 막기 위해 국교부인 · 정교분리를 원칙으로 한다. 「대한민국헌법」 제20조 2항도 그것을 규정하고 있다. 공무원의 종교 중립의무를 「국가공무원법」 제59조의2와 「지방공무원법」 제51조의2가 규정하고 있다. 육군훈련소 내 종교 행사 참석을 강제한 행위가 국가의 종교 중립성을 위반한 정교분리의 원칙 위배로 위헌임을 확인한 결정[2019헌마941]이 있었다.
마음속에 머무는 신앙 자체에 대해서는 본질적 내용으로서 제한할 수 없다[「대한민국헌법」 제37조 2항]. 그러나 외부에 연관되면 제한이 가능하나 제한 한계[과잉금지[비례]원칙, 본질적 내용 침해 금지 등]를 지켜야 한다[동조 1항]. 양심적 병역거부 사건에서 종교의 자유도 함께 제한되는데 헌법재판소는 양심의 자유를 중심으로 기본권 침해 여부를 판단하였다[2011헌바379, 헌법불합치결정]. 종교 행위 자유 문제로 일요일 예배를 보는 자유 등이 인정되는데 사법시험 1차 시험을 시험 장소, 시험 관리상 이유로 일요일에 시행함이 공공복리에 의한 제한으로서 합헌성이 인정되었다[2000헌마159].
종교적 집회 · 결사 자유 문제로 미결수용자의 종교 행사 등에 참석을 금지한 행위에 대한 위헌 확인 결정[2009헌마527, 2012헌마782]이 있었다. 사립 종립학교가 그 재단의 종교를 교육하면서 사회공동체의 건전한 상식과 법 감정에 비추어볼 때 용인될 수 있는 한계를 초과한 종교교육이라고 보이면 위법성이 인정될 수 있다는 기준을 설정하고 이 기준에 비추어 학교에 대해 배상책임을 인정한 대법원 판례[2008다38288]가 있었다.