개인의 내심(內心)의 작용인 신앙의 자유를 그 핵심으로 한다. 종교의 자유는 자유권 발달의 선구적 역할을 하여왔다. 종교의 자유는 교회의 권위와 결합하였던 국가권력의 압력과의 투쟁을 통하여 획득하였고, 1647·1649년 영국의 국민협정에서 최초로 규정되었으며, 1689년 권리장정(Bill of Rights), 1776년 미국 버지니아권리선언 등에도 규정되었다.
주체 및 양심의 자유와의 관계를 보면, 종교의 자유의 주체는 자연인만이고 법인은 제외되며 외국인에게도 인정된다. 헌법의 양심의 자유와의 관계는 전통적으로 양심의 자유는 내면적 종교의 자유로, 종교의 자유는 외면적 자유로 규정되었으나 우리 <헌법>은 따로 규정하고 있다.
내용은 다음과 같다. ① 신앙의 자유는 종교를 믿느냐의 여부의 자유와, 종교의 선택·변경의 자유와 신앙고백의 자유, 또 고백을 강요받지 않을 자유가 있고, 신앙여부에 따라 차별이나 불이익을 받지 않을 자유를 의미한다.
② 종교적 행위의 자유는 종교상의 의식, 기타 종교적 행사에 자유로이 참석할 자유와 강요당하지 않을 자유(국가가 종교적 행사에 관여해서는 아니 됨)가 있다.
③ 종교적 집회·결사의 자유는 종교적 집회를 한다든지 교회·교단(敎團)을 조직, 결성하는 자유와 그러한 집회·결사에 가입, 탈퇴하는 자유이고, 이 자유는 보통의 집회·결사의 자유보다 더 광범한 보호를 받는다. ④ 포교(布敎)의 자유는 종교선전·종교교육·종교비판의 자유를 의미한다.
국가와 종교와의 분리원칙은 <헌법> 제20조 2항에서 국교의 불인정과 정교분리(政敎分離)의 원칙을 규정하고 있는데, 종교의 자유를 완전히 보장하기 위해서 국가의 비종교적, 국교제도의 부인이 곧 종교의 자유를 직접 보장한 것이라 하겠다. 정교분리원칙은 국가가 어떤 종교를 특별히 보호하거나, 특권을 부여하거나 지원해서는 안 된다는 뜻이다.
즉, 어떤 종교단체에 특권부여의 금지, 재정적 원조의 금지, 국가적 식전에서의 특정종교의식의 금지가 있으나, 다만 일상생활의 습속화된 행위는 위헌이 아니다. 그리고 국가와 지방자치단체의 종교활동의 금지 등이 있고, 국·공립학교에서의 종교교육행위는 위헌이다.
특히, 정교분리의 헌법규정은 국가에만 의무를 부여하는 것이라는 견해와 종교단체에 대해서도 정치개입을 금지하는 것이라는 견해가 대립되고 있으나 후자가 타당하다고 본다.
다만, 종교적 정치활동단체인 정당의 구성과 활동은 가능하다고 하겠다. 종교의 자유의 효력은 대사인(對私人)에게도 있고, 그 제한은 국가안전보장·질서유지·공공복리를 위하여 제한할 수 있다.
그리고 그 한계로서는 공서양속파괴행위, 국민의 기본의무회피행위, 미신적 치료행위 등은 종교의 자유에 포함되지 않는다. 따라서 종교의 자유를 제한하는 경우에도 그 제한이 종교의 자유의 본질적인 내용을 침해할 수 없고, 이 때 ‘명백하고 현존하는 위험의 원칙’이 적용되어야 한다.