한미행정협정이라고 불리기도 한다. 1966년 7월 9일 조인되어, 1967년 2월 9일 발효되었다.
1966년 7월 9일 한국정부 대표 이동원 외무부장관과 미국정부 대표 러스크(David Dean Rusk) 미 국무장관 사이에 조인된 협정이다. 정식 명칭은 ‘대한민국과 아메리카 합중국 간의 상호방위조약 제4호에 의한 시설과 구역 및 대한민국에서의 합중국 군대의 지위에 관한 협정’이다.
미군은 1953년 7월 정전협정 체결 이후에도 한미상호방위조약 제4조에 따라 계속 남한지역에 주둔하게 되었다. 이에 한 · 미 양국은 주한미군의 법적 지위에 관한 합의가 필요하였다. 한국과 미국은 1953년 한미상호방위조약 수립 체결 직후 곧바로 주한미군의 법적지위에 관한 협상을 시작할 것이라고 발표하였다. 그러나 실제로는 미국의 부정적 태도와 협상 거부로 이승만 정부에서는 예비협상도 이루어지지 않았다.
장면 정부 시기인 1961년 4월 17일 SOFA 협상을 위한 실질적인 첫 예비회담이 개최되었다. 그러나 예비회담은 5 · 16군사쿠데타에 의해 좌절되었고, 결국 그 임무는 새롭게 등장한 군사정권에게 넘어갔다. 군사쿠데타 이후 새롭게 출범한 박정희 정부는 81차에 걸친 교섭 끝에 1966년 주한미군지위협정을 체결하였다.
1966년 주한미군지위협정은 본 협정문 이외에 합의의사록(Agreed Minutes), 합의양해사항(Agreed Understanding), 형사재판권에 관한 한국 외무장관과 주한미국대사 간의 교환서한(Exchange of Letters)의 세 가지 부속문서로 구성되었다.
이 가운데 본 협정은 1950년 ‘대전협정’에 비해 외형적으로는 한 · 미 간의 불평등성을 많이 개선하였으나, 나머지 3개 부속문서가 본 협정의 내용을 상당히 제한하였다. 예를 들어 협상과정에서 양국 간에 첨예하게 대립했던 형사재판권 문제는 본 협정에서 한국이 원하는 형식을 취하고 있지만, 부속문서에서 미국이 원하는 내용으로 본 협정을 제한할 수 있도록 타결되었다.
주한미군지위협정은 1991년과 2001년 두 차례 일부분 개정되었다. 그럼에도 불구하고, 이 협정의 불평등성은 계속 비판의 대상이 되고 있다.
주한미군지위협정은 내용상의 불평등성에도 불구하고, 기존의 ‘대전협정’이나 ‘마이어협정’과 비교하여 얻은 것이 많다는 점은 분명하다. 미군 또한 이 협정을 통해 한국 내 실질적 권한을 지속적으로 유지할 수 있는 근거를 마련하였다고 평가할 수 있다.