한국기독교순교자기념관은 한국 교회를 위해 순교한 개신교인들의 신앙과 정신을 기리고 한국기독교 선교 100주년을 기념하기 위해 1989년 11월 18일 개관한 순교자 기념관이다. 양지순교자기념관이라고도 한다. 1980년 개신교 11개 교단 대표들이 한국기독교 선교 100주년을 기념하기 위한 범 교단적 협의체를 조직하기로 결의하였다. 협의회에서는 경기도 용인시 양지면에 한국기독교 순교자 기념관을 짓고 그 앞에 순교자 기념탑을 건립하였다. 1884년 기독교가 전래된 이후 약 600여 명의 순교자 명단이 기념관에 헌정되었다.
1980년 12월 4일 개신교 11개 교단 대표들이 모여 한국기독교 선교 100주년을 기념하기 위해 범 교단적 협의체를 조직하기로 결의하고, 1981년 1월 27일 100주년 기념사업 협의회 제1회 총회, 1982년 1월 26일 제2회 총회를 개최하였다. 이를 준비하기 위해 설립된 한국기독교 선교 100주년 기념사업 협의회에는 한국교회 20개 교단과 26개 기독교 기관단체의 대표 100여 명이 참여하였다.
1983년 11월 14일 새문안교회에서 첫 순교자 추모 연합예배가 개최되었는데, 한국교회 초기부터 신앙을 지키기 위해 생명을 바친 순교자들의 희생정신을 계승하고자 1천여 명의 성도가 참여하였다. 이후 경기도 용인시 양지면에 11만 평의 부지를 영락교회 성도(정이숙 권사)가 기증하자, 오랜 논의를 거쳐 한국기독교 순교자 기념관을 짓고 그 앞에 순교자 기념탑을 건립하기로 결의하였다.
1987년 4월부터 공사를 시작하였고, 1989년 11월 18일 건평 336평의 3층 건물로 한국기독교 순교자 기념관을 개관하였다. 순교자 기념관 공사비로 1989년 재미 실업가인 한규빈이 100만 달러를 기부했다. 1884년 기독교 복음이 전해진 이래 순교자는 2,600여 명으로 추산되며, 이 가운데 600여 명의 명단이 순교자 기념관에 헌정되어 있다.
2005년 4월 23일 한국기독교 선교 100주년 기념사업 협의회 정기 이사회에서는 순교자 기념관과 양화진 외국인 선교사묘원의 운영 및 관리를 한국기독교 선교 100주년 기념교회에 위임하기로 결의하고, 2005년 7월 10일 한국기독교 선교 100주년 기념교회를 창립하였다. 관장은 한국기독교 선교 100주년 기념교회의 담임목사가 맡게 되었고, 현재 관장은 이재철 목사이다. 한국기독교 선교 100주년 기념교회에는 순교자 기념관 관리위원회가 있는데, 위원회는 매년 3명씩 임명하는 2년 임기의 위원으로 구성되어 있다.
한국기독교 순교자 기념관은 건평 366평, 3층 건물로 전체가 직사각형이며, 가운데 원통형의 공간이 있어 나선형으로 계단이 연결되어 있다. 1층 입구에 들어서면 초기 한국교회사를 알 수 있는 역사화 40여 점이 로비와 계단에 전시되어 있다. 2층에는 회의실과 예배실이 있으며, 예배실에는 1930년대 이전 개화기의 한국교회와 사회상을 담은 사진 120점이 전시되어 있다. 회의실에는 교계 관련 서적 860여 권이 비치되어 있으며, 1920년대부터 최근까지 발행된 성서 40여 권이 시대별로 전시되어 있다. 3층에는 순교자들의 존영과 유품이 진열되어 있다. 건물 바깥에도 순교자 공원을 조성하여 진입로부터 기념비와 성경비, 순교자 기념시비 등을 설치했고, 건물 앞에는 흰색 십자가탑이 세워져있다.
기념관 건물은 1991년 건축가 협회로부터 대한민국 건축가 협회상을 수상했다.
한국기독교 순교자 기념관은 한국교회의 목회자들을 비롯하여 일반 성도들, 한국 기독교사를 연구하는 학자들이 꼭 찾아가는 기독교 성지순례 장소의 하나로 평가되고 있다.