영락교회는 1945년 12월 2일 한경직(韓景職) 목사에 의해 설립되었다. 신의주 제2교회에서 목회활동을 하던 한경직은 8·15광복과 함께 월남하여 조선신학교(한국신학대학 전신)의 교회사 교수로 취임하여 교편을 잡으면서 저동에 위치한 이 신학교재단에 속한 건물을 빌려 처음에 베다니교회라는 이름으로 교회를 세웠다.
북한 서북지방의 피난민교인들이 몰려들면서, 얼마 지나지 않아 이 교회는 서울 최대의 교회가 되었고 1950년 6월에 교인 3,000여 명을 수용할 수 있는 예배당을 건축하는 한편, 교회당 주위의 빈터에 천막을 쳐 집이 없는 피난민들에게 거처를 마련해 주기도 했다. 월남피난민들 사이의 연고관계와 구제활동, 한경직 목사의 유능한 목회가 이 교회를 큰 교회로 발전시키는 주요 원동력이 되었다.
이 교회는 신탁통치반대운동, 반공운동에 앞장섰으며, 피난민구제와 전도사업, 개척교회 설립, 농아전도, 해외선교사파송, 교육사업 및 사회복지사업에도 힘써 왔다.
역대 담임목사로는 한경직(韓景職)·강신명(姜信明, 1947∼1955), 박조준(朴朝駿, 1973∼1985), 김윤국(金潤國, 1986∼1987), 임영수(林永樹, 1988∼1997), 이철신(李哲信, 1998∼2018), 김운성(金雲聖, 2018~현재)이 있다.
1995년 창립 50주년을 맞이하여 영락교회는 21세기 선교와 남북통일에 대비한 북한선교에 중점을 두는 한편, 대사회적 선교활동과 기독교 교육을 위한 사업들을 추진하였다. 이를 통해 50주년 기념관 건립, 영락기도원 개축, 노인요양시설·장애인 수용시설 건립, 교회학교 교재의 개편, 장로교신학대학의 채플 건립 등을 추진되었고, 50주년 기념관·노인요양시설·중증장애아동수용시설(애니아의 집)을 지역사회를 위해 사용하고 있다.
한경직은 1992년에 종교계의 노벨상이라 불리는 템플턴상을 수상하였고, 한국 장로교 발전에 큰 기여를 한 인물로 꼽힌다.
2013년 현재 2만여명의 교인이 있다. 사회사업기관으로는 영락보린원, 영락경로원, 영락노인전문요양원, 영락모자원, 어린이집, 영락애니아집 등이 있으며, 교육기관으로는 영락유치원, 영락중학교, 영락고등학교, 영락 유헬스고등학교, 대광초등학교, 대광중학교, 대광고등학교, 보성여자중학교, 보성여자고등학교 등이 있다.