영락교회는 1945년 12월 2일 한경직(韓景職) 목사에 의해 설립되었다. 신의주 제2교회에서 목회 활동을 하던 한경직은 8·15광복과 함께 월남하여 조선신학교(한국신학대학 전신)의 교회사(敎會史) 교수로 취임하여 교편을 잡으면서 저동에 위치한 이 신학교 재단에 속한 건물을 빌려 처음에 베다니전도교회라는 이름으로 교회를 세웠다.
북한 서북지방의 피난민 교인들이 몰려들면서 얼마 지나지 않아 이 교회는 서울 최대의 교회가 되었고 1950년 6월에 교인 3,000여 명을 수용할 수 있는 예배당을 건축하는 한편, 교회당 주위의 빈터에 천막을 쳐 집이 없는 피난민들에게 거처를 마련해 주기도 했다. 월남 피난민들 사이의 연고 관계와 구제 활동, 한경직 목사의 유능한 목회가 이 교회를 큰 교회로 발전시키는 주요 원동력이 되었다.
이 교회는 신탁통치 반대운동, 반공 운동에 앞장섰으며, 피난민 구제와 전도 사업, 개척 교회 설립, 농아(聾啞) 전도, 해외 선교사 파송, 교육 사업 및 사회복지 사업에도 힘써 왔다. 역대 담임 목사(擔任牧師)로는 한경직(韓景職), 강신명(姜信明, 19471955), 박조준(朴朝駿, 19731985), 김윤국(金潤國, 19861987), 임영수(林永樹, 19881997), 이철신(李哲信, 19982018), 김운성(金雲聖, 2018)이 있다.
1995년 창립 50주년을 맞이하여 21세기 선교와 남북통일에 대비한 북한 선교에 중점을 두는 한편, 대사회적 선교 활동과 기독교 교육을 위한 사업들을 추진하였다. 이를 통해 50주년 기념관 건립, 영락기도원 개축, 노인 요양 시설 · 장애인 수용 시설 건립, 교회 학교 교재의 개편, 장로교신학대학의 채플(chapel) 건립 등을 추진하였고, 50주년 기념관 · 노인 요양 시설 · 중증 장애 아동 수용 시설(애니아의 집)을 지역 사회를 위해 사용하고 있다.
2013년 기준 2만여 명의 교인이 있다. 2023년 기준으로 사회사업 기관으로는 영락사회복지재단을 두고 있으며 그 산하에 아동 복지 영역에 영락보린원 · 영락지역아동복지센터, 노인복지 영역에 영락경로원 · 영락소규모요양원 · 영락재가노인지원서비스센터 · 은빛사랑채 영락노인주간보호센터 · 영락노인전문요양원 · 헤븐리재가노인복지센터, 모자 복지(母子福祉) 영역에 영락모자원, 장애인 복지 영역에 영락애니아의집 · 영락주간보호센터 · 구립용산장애인복지관, 영유아 보육 영역에 합실어린이집 · 영락어린이집이 있다. 교육 기관으로는 영락유치원, 영락중학교, 영락고등학교, 영락의료과학고등학교, 대광초등학교, 대광중학교, 대광고등학교, 보성여자중학교, 보성여자고등학교 등이 있다.