1957년 8월 1일에 창간되었으며, 당시의 편집 겸 발행인은 김춘배(金春培)이다. 어느 교파에 편중됨이 없이 성서의 해석, 구미의 신학사상 소개, 한국교회의 신학 및 기독교사상의 정립, 기독교의 토착화작업, 기독교문화 향상 등을 목적으로 발간되었다.
창간 당시 김하태(金夏泰)의 「기독교와 실존주의」, 바르트(Barth,K.)의 「인간구조론」, 니버(Niebuhr,R.)의 「바르트는 왜 헝가리에 관하여 침묵을 지키는가?」, 베넷(Bennett,J.C.)의 「사회혁명에 대한 기독교의 반응」 등 구미 각국의 최신 기독교사상의 변천과 문제점들을 소개했다.
동시에 전영택(田榮澤)의 「기독교문화론」과 강신명(姜信明)·주요한(朱耀翰)·이병도(李丙燾)·홍종인(洪鍾仁)·홍이섭(洪以燮)·홍현설(洪顯卨) 등 당대의 한국 지성을 동원하여 한국문화와 기독교에 관한 좌담회를 개최하는 등, 한국문화 향상과 기독교의 토착화를 위한 기사와 논문을 다수 게재함으로써 기독교인들에게만이 아니라 일반 지성인들에게까지도 많이 읽히는 잡지로 성장하였다.
1963년에는 그 동안에 발표된 논문들을 정리하여 『기독교사상강좌』를 전 6권으로 펴냈으며, 1983년에 지령 300호 기념으로 『한국의 신학사상』·『한국역사와 기독교』·『한국교회의 이데올로기』 등을 발간하여 한국 역사와 사회 안에서 교회의 역할와 의미를 밝히는 작업을 했다.
1992년에는 지령 400호 기념으로 『한국의 문화와 신학』·『한국의 정치와 신학』·『한국의 환경과 경제와 신학』·『한국의 평화와 통일과 신학』·『한국의 여성과 신학』 등 5권을 발간했다.
2000년 8월에 지령 500호가, 2008년 12월에 지령 600호가 발행되었다.
『기독교사상』은 변화하는 사회문화적 상황 속에서 한국 기독교의 신학적 논의를 촉발하는 한편, 기독교의 다양한 신학사상들을 현대인들에게 입체적으로 제공하고 있다는 평가를 받고 있다.