미탄사지 삼층석탑은 1980년 발굴조사 이전까지는 무너져 있어 기단부와 탑신부 일부 부재가 소실된 채로 방치되어 있었다. 1980년에 남은 부재들을 모아 복원하였고, 없어진 부재는 새로 만들어 조립하였다.
석탑은 낮은 하층기단과 높은 상층기단의 이중기단에 3층으로 이루어진 탑신부와 상륜부로 이루어진 신라의 일반적인 형태의 석탑 가운데 하나이다. 다만, 상륜부는 노반만 남아 있으며, 현재 높이는 6.12m이다.
이 석탑의 조성 시기는 옥개석 받침이 5단인 9세기 전반 이전 신라 석탑과 달리 3단인 점을 근거로 9세기 중엽 이후부터 10세기 초에 조성된 것으로 여겨져 왔다. 그러나 기단의 탱주(撑柱) 수가 상 · 하층 각각 2개씩인 점, 기단을 구성하는 부재의 수와 기단과 탑신의 비례 등이 경주 천군동 동 · 서 삼층석탑, 경주 불국사 삼층석탑 등 8세기 중엽 이전 석탑과 유사한 것으로 보아, 이 석탑은 아무리 늦어도 8세기 후반에는 조성되었을 것으로 보인다.
한편, 미탄사지 발굴에서는 석탑의 기단부와 하부 구조가 밝혀졌다. 먼저 구덩이를 넓게 파고 이를 단단히 굳힌 다음, 큰 돌과 작은 돌로 채우고 점토를 다지고 불을 지펴 단단히 굳히는 것을 여러 차례 더하여 기초를 다졌다. 기단 내부에는 70㎝ 내외의 큰 돌을 쌓고 사이에 작은 돌과 흙을 섞어 다졌다.
하층기단 갑석 부분에서는 새 모양 석제품을 비롯하여 소형 금동불 입상, 수정제 장식, 금동 영락, 벼루 편 등 지진구(地震具) 6점이 수습되었다. 이 밖에도 넝쿨무늬 암막새, 도 · 토기, 당삼채 조각 등이 확인되었다.
경주 미탄사지 삼층석탑은 신라 왕경 내에 현존하는 유일한 석탑으로, 비록 파손 및 결손된 부재를 신재로 보강 및 보충하여 신재와 구재 간 이질감이 있지만, 최초로 기초부 조사를 실시하여 조탑 방식 연구에 단초를 제공하였다. 또한, 그 형태가 정연하고 적절한 비례감을 지니고 있어 역사적 · 학술적 가치가 크다.
통일신라의 전형적인 석탑 양식이 변화되는 모습으로 과도기적 요소를 지니고 있어 석탑 양식 변화 연구의 실증적 자료로서 가치가 더욱 크다. 2017년 1월 11일 보물로 지정되었다.