1397년(태조 6)에 당시 도 단위의 군사 책임자였던 남방 지역의 도절제사를 폐지하고 변진(邊鎭)을 설치하면서 그 책임자로 첨절제사(僉節制使)를 파견하였는데, 일부 변진의 군사 책임자는 그보다 품계가 낮은 인물을 보내면서 이를 동첨절제사(同僉節制使)라고 일컬었다. 그리고 1411년(태종 11)에 각 위(各衛)에 절제사를 두면서 상호군은 첨절제사, 대호군은 동첨절제사라고 일컬었다. 나아가 1423년(세종 5)에는 고려식 제도였던 도병마사(都兵馬使) · 병마사(兵馬使)를 양부(兩府) 이상은 도절제사, 3품은 첨절제사라고 바꾸어 일컫던 제도에 따라, 각 진의 병마사도 3품은 첨절제사, 4품은 동첨절제사라고 호칭하기 시작했으며, 이를 계기로 동첨절제사는 도절제사, 첨절제사 아래에서 그보다 작은 규모의 진을 통솔하는 위치로 확정되었다.
동첨절제사의 역할은 진에 소속된 진군을 통솔하는 것이었다. 병마(수군) 동첨절제사가 본직(本職)인 경우에는 진장(鎭將)으로 활동하였고, 군수가 겸한 겸직의 경우에는 수령의 역할을 하면서 군사 체계에 편입되어 있었다.
세종대에는 연해 수령의 3품인 자는 첨절제사(僉節制使)라 일컫고, 4품인 자는 동첨절제사(同僉節制使)라 하며, 5품 · 6품인 자는 절제 판관(節制判官)이라 일컬었는데, 세조대에 군익도체제를 전국적으로 확대하고자 진관 체제로 개편하여 수령이 겸한 병마단련부사도 병마동첨절제사로 개편되면서, 동첨절제사는 종4품의 품계에 해당하는 제진(諸鎭)의 장이 되었다. 그리하여 경국대전(經國大典) 체제에서는 서반 외관직으로 종4품의 군수가 겸한 무관직이 동첨절제사에 해당하게 되었다. 따라서 경국대전 체제에서는 군수가 겸한 서반 외관직으로, 경기 14개 고을, 충청도 12개 고을, 경상도 20개 고을, 전라도 14개 고을, 황해도 11개 고을, 강원도 11개 고을, 영안도 6개 고을, 평안도 17개 고을 등 모두 105개 고을의 군수가 동첨절제사에 해당했으며, 대전회통(大典會通)에서는 경기 16개 고을, 충청도 15개 고을, 경상도 24개 고을, 전라도 19개 고을, 황해도 16개 고을, 강원도 11개 고을, 함경도 7개 고을, 평안도 24개 고을 등 모두 132개 고을의 군수가 병마 동첨절제사를 겸하였다. 한편, 수군의 경우에는 수군만호가 종4품에 해당했지만, 동첨절제사를 만호보다 상위의 관직으로 여겼으며, 수군만호를 승격시키거나 종3품의 수군 첨절제사를 강등시킬 때 종4품 전임(專任)으로 수군 동첨절제사를 두었다.
조선시대 관료제 운영이 관계(官階) 중심으로 정착하는 과정에서 첨절제사 아래의 서반직으로 정착되어 운영되었다는 점에서 의의가 있다.