대한불교조계종 제8교구 본사인 직지사의 말사이다. 창건연대는 알 수 없으나, 오래 전부터 보천이라는 샘이 있어서 절 이름을 보천사라 하였다 한다.
고려 충렬왕의 아들 왕소군(王小君)은 신병을 치료하기 위하여 이 절에 머무르면서 보천수를 먹고 병이 완쾌되었다고 한다. 그러나 임진왜란의 병화로 완전히 소실된 뒤 폐사가 되어 절 이름만 전해오다가, 옛 절터에서 석조여래좌상이 발견되어 1959년에 보호각을 신축하고 봉안하였다. 이때 석불 앞에서 금동불 1구가 함께 출토되었으나 그 뒤 유실되었다.
1979년에는 정부의 문화유산보호조처에 따라 보물로 지정된 선산해평동석조여래좌상의 보호각을 중건하였고, 1981년에는 주지 진상(眞尙)이 적묵전(寂默殿)과 산신각을 신축하였으며, 1982년에는 신도들의 성금으로 요사채 7칸을 준공하여 오늘에 이르고 있다. 절 주위에는 옛 기와와 주춧돌이 산재되어 있다.