대한불교조계종 제9교구 본사인 동화사(桐華寺)의 말사이다. 1192년(명종 22)에 보조국사(普照國師)가 중창하였다고 한다. 최초의 창건에 관한 기록은 아직 발견되지 않는다.
그러나 1040년(정종 6)에 최제안(崔齊顔)이 쓴 경주 천룡사(天龍寺)의 중창과 관련된 신서(信書)를 보면 북지장사의 납입전(納入田)이 200결(結)이라고 기록하고 있어, 이 절이 매우 규모가 컸던 큰 절이었다는 것과 1040년 이전에 창건되었음을 알 수 있다.
옛날에는 팔공산 동화사를 말사로 거느렸던 큰 절이라고 한다. 그러나 보조국사의 중창 이후 이 절의 역사는 전혀 전래되지 않고 있다. 다만 대웅전의 기와 중에 강희 4년(1665)의 명(銘)이 있는 것과 1623년의 명이 있는 것으로 보아, 이 절이 1623년(인조 1)에 중창되고 1665년에 중수되었음을 추정할 수 있다.
1767년(영조 43)에 편찬된 『대구읍지(大丘邑誌)』에 북지장사가 언급되어 있고, 부속암자인 청련암(靑蓮庵)과 도명암(道明庵)이 있다고 기록되어 있다.
1799년(정조 23)에 편찬된 『범우고(梵宇攷)』에도, ‘북지장사가 팔공산에 있다.’는 내용이 보인다. 또한 1832년(순조 32)에 편찬된『경상도읍지』에 북지장사가 청련암 · 도명암과 함께 동화사에 소속되었다는 기록이 있어 사찰의 변화를 알 수 있다.
현존하는 당우로는 극락전을 비롯하여 삼성각 · 산신각 · 대문(大門)과 3동의 요사채가 있다. 이 중 대구 북지장사 지장전은 정면 1칸, 측면 1칸 반인 특이한 구조로서, 1984년 보물로 지정되었다.
이 밖에 1982년 대구광역시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 북지장사 삼층석탑 2기와 1988년 대구광역시 유형문화재로 지정된 북지장사 석조지장보살좌상이 있다. 대웅전의 동편에 남쪽을 향하여 나란히 서 있는 탑은 고려시대의 탑으로 추정된다.
원래 이 탑의 뒤쪽은 법당이 있던 곳으로 많은 석재 유물이 산재하여 있다. 이밖에도 대웅전 앞에는 지장사유공인영세불망비(地藏寺有功人永世不忘碑)가 있는데, 이 비문에도 지장사가 신라시대의 고찰이라는 기록이 있다.