대한불교조계종 제12교구 본사인 해인사(海印寺)의 말사이다. 정확한 창건연대는 알 수 없으나 신라 때의 고승이었던 영원조사(靈源祖師)가 창건하여 절 이름을 영원사라 이름을 지었다고 한다.
설화에 의하면 영원조사는 원래 범어사(梵魚寺)에서 수행하다가 욕심 많은 스승의 곁을 떠나 지리산으로 들어가서 토굴을 짓고 10년 동안 정진(精進)하여 대오(大悟)하였다. 그 뒤 다시 범어사로 돌아와서 흑 구렁이로 변한 스승의 업신(業身)을 제도한 뒤 영혼을 인도하여 지리산 토굴로 돌아가다가 한 부부를 만났다.
그는 부부에게 열 달 뒤 아이가 태어날 것이니 7년 뒤에 나에게 데려다달라는 당부를 남기고 토굴로 돌아와서 7년 동안 절을 지어 영원사를 완성하였다. 찾아온 동자를 제자로 삼아 방안에 가두고 밖에서 문을 잠근 뒤 문에 작은 구멍을 뚫어놓고 이 문구멍으로 황소가 들어올 때까지 열심히 정진하라고 일러주었다. 그 뒤 동자는 문구멍으로 황소가 뛰어 들어오는 것을 보고 오도(悟道)하여 전생의 모든 사실을 깨닫게 되었다고 한다.
이 절에 있었던 대표적인 고승으로는 영관(靈觀)을 비롯하여 서산대사(西山大師)가 12년을 수도하였고, 청매(靑梅) · 사명(四溟) · 지안(志安) · 상언(常彦) · 포광(包光) 등 당대의 고승 109명이 이곳에서 도를 닦았다는 기록이 『조실안록(祖室安錄)』에 기록되어 있다.
그러나 여순반란사건 때 완전히 소실된 뒤 1971년에 중건되어 현재에는 인법당만이 있다. 문화유산으로는 영암당탑(靈巖堂塔) · 설파당탑(雪坡堂塔) · 중봉당탑(中峰堂塔) · 청계당탑(淸溪堂塔) · 벽허당탑(碧虛堂塔) · 청매탑(靑梅塔) 등 부도 6기가 있다.