『조선불교통사』는 이능화가 우리나라의 불교사에 관하여 저술한 불교 역사서이다. 상권은 우리나라의 각 시대별 불교 역사를 기술하였고, 30본산과 그 말사에 관한 기록을 집대성하였다. 중권에서는 인도, 중국의 제종파 분파를 언급하고, 대표 종파로 선종 등 13대 종파를 지적하였다. 이어서 보우에서부터 휴정까지 각 인물의 행장을 수록하였다. 하권에서는 우리나라 불교의 대표적 설화·일화를 수록하였다. 한문 원문으로 전체 2,300여 면에 달하는 방대한 기록이다. 한국불교에 관한 종합사서로서는 가장 치밀하고 방대하다는 평을 얻었다.
3권 2책. 신문관(新文館)에서 발간하였다. 상권은 우리나라의 각 시대별 불교역사를 기술하였고, 30본산(本山)과 그 말사(末寺)에 관한 기록을 집대성하였다. 각 사암(寺庵)의 탑상(塔像)과 기타 중요한 기사를 정리하여 214개 항목으로 나누어 기술하였다.
중권에서는 삼보원류(三寶源流)라는 항에서 인도 · 중국에서의 제종파(諸宗派) 분파를 언급하고, 그 대표적 불교 종파로 선종(禪宗) 등 13대 종파를 지적하였다. 이어서 조선의 임제종 선맥(禪脈)을 보우(普愚)에서부터 휴정(休靜)에 이르는 과정으로 보고 각 인물의 행장을 수록하였다.
하권에서는 이백품제(二百品題)라는 독자적인 주제를 설정하여 우리나라 불교의 대표적 설화 · 일화를 수록하였는데, 그 가운데는 원광(圓光)과 화랑, 지눌(知訥)과 조계종(曹溪宗), 원효(元曉)와 의상(義湘)의 화엄연구(華嚴硏究) 등이 기록되어 있다. 한문원문으로 전체 2,300여 면에 달하는 방대한 기록이다.
현재까지 출간된 한국불교에 관한 종합사서로서는 가장 치밀하고 방대하다는 평을 얻고 있다. 상권의 불교역사는 편년체 형식으로 기록하였다. 즉, 연대와 기사를 시대순으로 정리하였으며, 각 기사의 끝에는 다시 비고 · 참고를 넣어 출전과 관련사항을 부기하였다.
출전은 우리나라의 종합사서인 『삼국사기』 · 『삼국유사』 · 『동사강목(東史綱目)』 · 『고려사』 · 『고려사절요』 및 조선왕조실록을 비롯하여 각종 야담집을 망라하였다. 중국측과 일본측의 자료도 망라하였는데, 『송고승전』 · 『양고승전』 · 『일본서기』 · 『일본세기』 · 『본조고승전(本朝高僧傳)』 등이 빈번히 언급되고 있다.
중권은 주로 불교종파에 대한 해설인데, 특히 선종을 중점적으로 다루고 있다. 한국불교를 선종으로 파악하여, 마하가섭(摩訶迦葉)에서부터 휴정에 이르기까지의 법맥을 상세히 다루었다. 즉, 임제종의 정통을 이어받은 사상적 특징을 부각시키려고 하였다.
하권은 잡항(雜項)으로서 불교관계 기사뿐 아니라 시사성 있는 여러 한국사상을 망라하였다. 200가지의 기사를 가려뽑은 기준은 한국사상의 형성에 결정적 영향을 미쳤다고 판단되는 기사에 한하였다고 한다. 즉, 한국고대에는 고유신앙에 관한 여러 기사를 실었고, 중대에는 주로 불교, 하대에는 유교 · 기독교 등의 관계자료도 명시하였다.
현대편의 초점은 「조선사찰령(朝鮮寺刹令)」 이후의 불교계로 국한하였다. 근대고승들의 연구성과, 사찰의 종합적 규율, 교육시설과 기타의 불교적 의식변모 등을 다루었다. 이 책의 특징은 첫째, 불교종합사서로 완벽한 책이다. 『삼국사기』와 같은 식의 역사서술을 따르면서, 『삼국유사』에서와 같은 민족적 역사의식을 가지고 있다.
또한 자료의 활용에 있어서 당시의 거의 모든 기록을 망라하였다는 점이 돋보인다. 둘째, 금석문(金石文)의 활용이다. 관련되는 기사의 비고란에는 비명(碑銘) · 석종명(石鐘銘) 등을 세밀히 언급함으로써 각주(脚註)의 성격을 띠고 있다.
셋째, 훈민정음의 창제, 기독교의 특징, 회교(回敎)의 연원(淵源) 등 불교와 직접 관련이 없는 부분도 언급하여 다종교 상황에서 불교의 지향을 예견한 점이다. 넷째 이후 한국불교사 관계저술의 귀감이 되고 있다. 『이조불교(李朝佛敎)』 · 『조선선교사(朝鮮禪敎史)』 등 일련의 한국불교관계문헌은 모두 이 책의 영향을 받고 있다.
비록 독창적 사관(史觀)에 의한 저술이라기보다는 일종의 자료집이라는 성격을 가진 아쉬움은 있으나 그의 탁월한 학문적 열의를 보여주는 대표적 저술이다. 1918년 간행 이후 권상로(權相老) · 조명기(趙明基) 등의 교감으로 1968년 재차 간행하였다. 2010년에 역주 조선불교통사가 전8권으로 동국대학교출판부에서 간행되었다.