조선시대 왕족의 교육을 담당했던 관서이다. 고려시대에는 제왕자부 내에 교육을 담당하는 관원이 있었지만, 조선시대에는 왕자 이하 종친은 종친부에 속하게 되었다. 종친 교화에 관심을 두었던 세종이 1428년(세종 10) 종학을 설치하였다. 그는 경복궁 건춘문 밖에 종학 건물을 세우고, 종친 자제가 8세가 되면 입학시켜 유교의 교양을 쌓게 하였다. 종학의 교관은 박사라 칭하였는데, 성균관의 관원이 겸직하게 하였다. 종학은 연산군 때부터 치폐를 거듭하다 임진왜란 이후 완전히 폐지되었다.
고려시대에는 제왕자부(諸王子府) 내에 교육을 담당하는 관원이 있었다. 조선시대에는 모든 국가 체제의 지도 이념을 유교에 두고 이에 적합한 혁신을 단행하였다. 태종은 숭유배불 정책을 과감하게 추진하고 왕권을 강화하는 한편, 관제를 개혁하여 고려적 관제에서 조선적 관제로 이행하는 기틀을 마련하였다. 그래서 각 왕자에게 주어졌던 왕자부를 폐지하고 모든 종친이 종친부에 속하게 되었고, 이들을 관리하는 종부시를 두었지만, 교육 기능은 없었다. 세종은 선왕의 치적을 바탕으로 모든 문물 제도를 정비했는데 그 확장 정책의 일환으로 예조의 건의에 따라 왕실 교육을 위한 기관인 종학을 설치하였다. 1427년(세종 9)에 당송(唐宋)의 제도에 따라 종친 자제로서 8세가 되면 모두 입학시켜 유교의 교양을 쌓게 하자는 예조의 건의를 받아들여 다음해인 1428년에 종학을 설치하였다.
종학에 대한 구체적인 논의는 1429년(세종 11)에 시작되어 이해에 경복궁 건춘문 밖에 종학 건물을 세우고, 1430년 예조에서 종학 입학 절차와 교관에 대한 규정이 마련되었다. 종학 교관은 모두 박사라고 하되 성균관의 사성(종3품) · 직강(종5품) · 주부(종6품) 각 1인으로 하여 관품에 따라 종학박사를 겸임하게 하고, 관품이 사예(정4품)와 같다면 2인 중에서 1인을 종학박사로 겸임하게 하였다. 그후 종학에 입학하는 종친들이 늘어나자 1433년(세종 15) 교관을 4인에서 6인으로 늘렸다. 증원된 2인은 동서반의 3품 이하 6품 이상의 참상관으로 겸임하게 하였다. 이처럼 전임관(專任官)을 두지 않고 성균관원으로 겸임하게 한 것은 두 기관의 유대를 강화해 교육의 통일적 효과를 위한 것 같으나, 이 때문에 성균관의 예속적 지위를 면할 수 없었다. 세조는 1466년(세조 12) 1월 관제 개혁 때에 겸박사 제도를 없애고 4명의 전임 관원을 두었는데, 정4품 도선(導善) 1인, 정5품 전훈(典訓) 1인, 정6품 사회(司誨) 2인 등이다. 이처럼 전임 교관을 둔 것은 일시적인 현상일 뿐, 예종 때에 다시 성균관에 예속되었다. 그 결과 『경국대전』에 종학관은 정4품인 도선 1인, 정5품인 전훈 1인, 정6품인 사회 2인으로 구성하되, 성균관의 사성(司成) 이하 전적(典籍) 이상이 이를 겸하는 것으로 명문화되었다. 종학의 교관은 홍학의 교과목인 『소학』, 사서오경, 『통감절요(通鑑節要)』를 강의하고, 1월, 4월, 7월 10월 등 세 달에 한번씩 종친에게 강서 시험을 보였다.
종학은 연산군 때에 혁파되었는데, 종친이 학습을 빙자해서 문사(文士)들과 교제하며 해서는 안될 일을 한다는 이유에서였다. 종학은 단지 종친의 교양을 위한 것이라고 여겨 관료들은 크게 관심을 두지 않았다. 1516년(중종 11) 대사헌 김당이 종학의 필요성을 역설하여 다시 설치되었으나, 가뭄 등으로 재정이 어려울 때에는 폐지되기도 하여 제대로 운영되지 못하였고, 임진왜란 이후에는 완전히 폐지되었다. 인조 때에 종친 교화에 대한 논의는 있었으나 재정 부족으로 종학 설치는 이루어지지 못하였고, 그 대신 종부시에서 전적으로 종친 교육을 담당하게 되었다.