설치 당시에는 서울특별시에 위치하였으나 2000년에는 특허청이 위치하고 있는 대전광역시로 이전하였다. 법원장 1인·부장판사 5인·판사 10인 등 16인의 법관 외에 사무국(총무과·특허과)를 두고 있다. 1946년 미군정청은 특허법을 제정하였다.
그 뒤 이 법은 정부수립 이후에도 헌법부칙 제100조에 의하여 그 효력을 존속하다가 1961년 특허법이 제정되어 우리의 법령으로 제도화된 이후 수차례의 개정이 있었으나 특허(실용신안·의장·상표를 포함함)에 관련된 행정처분의 효력 등에 관련한 분쟁은 특허청(특허국)에 설치된 특허심판기구에서 1차 처리하고, 이에 불복하는 경우도 특허청(특허국)에 설치된 특허항고심판기구에서 2차 처리하며, 이에 다시 불복하는 경우 대법원에 상고하도록 하였다.
즉, 특허심판기구가 지방법원, 특허항고심판기구가 고등법원의 기능을 행하였다고 볼 수 있다. 이는 물론 특허 관련 분쟁이 특수한 전문지식이 있어야 해결할 수 있다는 점 때문이다. 뿐만 아니라 최종적으로는 대법원에 상고할 수 있었다는 점에서 문제가 없다고 볼 수도 있다. 그러나 대법원은 법률심의 기관이므로 당사자로서는 법률이 정하는 법관으로 구성되는 법원에 의한 사실심을 받은 권리, 즉 헌법이 정하는 재판을 받을 권리에 대해 제약을 받는다는 주장도 있었다.
이에 법원조직법·특허법을 개정하여 특허청(특허심판원)에 의한 심판은 1차에 한하도록 하고 이에 불복하는 소는 특허법원의 전속 관할로 함에 따라 특허법원이 설치되었다. 이에 따라 특허법원은 종전의 특허청 항고기구의 기능을 승계 받은 셈이 된다. 따라서 특허법원이 특허에 관련된 모든 소를 관장하는 것은 아니다.
특허권 침해에 따른 민사·형사사건은 통상적인 민사사건 혹은 형사사건과 같이 처리하므로 특허법원의 관할이 아니고 특허심판원의 특허무효심판·권리범위확인심판·통상실시허여심판·정정허가심판 등에 불복하는 소를 관할한다.