특허법원은 1998년 설치된 고등법원급 법원으로 지적재산권에 관한 행정소송 및 민사 침해소송에 관한 2심의 전속관할을 가지는 법원이다. 특허심판원의 심결 또는 결정 등의 지식재산권에 대하여 불복하여 그 취소를 구하는 1심의 행정소송과 「민사소송법」상 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 및 품종보호권 및 기타 다른 법에 의해 특허법원에 전속관할이 부여된 사건의 2심 법원의 재판관할권이 있다. 특허법원에 전속관할을 행사하도록 하는 기타 다른 법령은 「농수산물품질관리법」이 있다.
특허법원은 특허, 실용신안, 상표, 디자인 등에 관련된 특허심판원의 심결 또는 결정 등에 대하여 불복하여 이의 취소를 구하는 행정소송에 대한 1심으로서 재판관할과 「민사소송법」상으로는 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 및 품종보호권 및 기타 다른 법에 의해 부여된 사건에 대하여 2심 법원으로서의 재판관할권을 가지고 있다. 기타 다른 법령에서 특허법원에 심결 취소소송 등의 1심 관할권을 부여하고 있는데, 예컨대, 「농수산물 품질관리법」상 지리적 표시에 관한 심결에 대한 취소소송은 특허법원이 1심 법원으로서 관할권을 가지고 있다.
1998년 3월 1일 개원한 특허법원은 서울특별시 서초구 서초동 법원 종합 청사에 위치하였으나, 설치 논의 시와 달리 추후에 특허청이 위치한 대전으로 이전하기로 하여 2000년 3월 1일 대전 특허법원 청사가 완공됨에 따라 이전하였다.
1998년 개원할 당시 특허법원의 관할은 기본적으로 「특허법」 등에서 규정하고 특허심판원의 심결과 결정에 대한 항소심 성격의 취소소송[행정소송]을 담당하였으나, 2016년 1월 1일부터 「민사소송법」 제24조의 지식재산권 등에 관한 특별재판적 규정을 일부 수정 및 신설하여, 관할의 일부 변동이 발생하였다. 이에 의하면, 지식재산권에 관련한 민사소송 1심은 대전지방법원 · 대구지방법원 · 부산지방법원 · 광주지방법원 · 수원지방법원과 서울중앙지방법원이 경합하여 관할을 행사하여 총 6개 법원이 관할권을 가지고 있다. 특히, 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권, 품종보호권에 관한 소는 각 고등법원이 있는 곳의 각 지방법원이 서울중앙지방법원과 경합하여 전속관할권을 가지고 있다. 민사소송의 항소심[2심]은 특허법원이 전속관할을 한다.
특허법원은 아시아 최초의 지식재산권 전문 법원으로서 개원한 지 25년 이상이 되었고, 본격적으로 특허심판원의 심결과 결정에 대한 행정소송뿐만 아니라 그 권리 침해로 인한 민사소송의 항소심의 전속관할을 담당하여 지적재산권에 관한 소송의 전문화를 이룰 수 있게 되었다. 다만, 아직 법리적인 기초연구가 뒷받침될 만큼 우리나라 학계와 실무계의 연구 성과가 충분하다고 할 수 없지만, 지식재산권에 관련된 소송의 법리 형성에는 괄목할 만한 성장을 이룩하였다고 평가할 수 있다. 최근에는 지식재산권에 관한 국제 소송을 관할할 수 있도록 하는 연구와 노력을 하고 있다.