혁명검찰부는 5·16군사쿠데타 직후인 1961년 7월 「국가재건비상조치법」에 따라 설치되었던 특별 검찰기관이다. 「국가재건비상조치법」 제22조에 따라 국가재건최고회의는 반국가적·반민족적 부정행위 또는 반혁명적 행위를 처벌하기 위하여 특별법을 제정하였고 이를 처리하기 위해 혁명재판소와 혁명검찰부를 설치하였다. 3·15부정선거 사건, 7·29선거난동 사건, 특수 반국가 행위, 반혁명 사건, 폭력 행위 사건, 특수 밀수 사건, 국사 및 군사에 관한 독직 사건, 부정 축재 사건 등이 주요 처벌 대상이었다.
혁명검찰부는 일련의 중대한 정치범죄와 행위를 처벌하기 위해 5·16군사쿠데타 직후 설치되었다.
4·19혁명 후 민주당은 3·15부정선거와 반혁명사건을 처벌하기 위해 특별재판소 및 특별검찰부를 발족시켰다. 그러나 5·16군사쿠데타가 발생한 후 쿠데타 세력은 「국가재건비상조치법」을 도입하고, 국가재건최고회의가 반국가적 · 반민족적 부정행위 또는 반혁명적 행위를 처벌할 특별법의 제정 권한을 확보하고, 그에 따라 「혁명재판소 및 혁명검찰부조직법」, 「특수범죄처벌에관한특별법」, 「부정축재처리법」 등을 제정하였다.
혁명검찰부의 부장은 국가재건최고회의의 제청에 의하여 대통령이 임명하며, 부장은 혁명검찰부의 일반 사무를 관장하고 소속 직원을 지휘 감독하였다. 부장은 국가재건최고회의의 승인을 얻어 검찰부에 30인 이내의 검찰관을 임명할 수 있었고, 검찰부는 현직 검사 10명과 현역 법무장교 20명으로 구성되었다. 1심 검찰에는 5개 부, 상소 검찰에는 2개 부를 두었다. 혁명검찰부는 3·15부정선거 사건, 7·29선거난동 사건, 특수 반국가 행위 사건, 반혁명 사건, 폭력 행위 사건, 밀수 사건, 독직 사건, 부정 축재 사건 등을 기소하였다. 혁명검찰부는 1961년 7월 7일에 발족하여 1962년 5월 10일에 해체되었다. 혁명검찰부가 기소한 인원은 총 551건 713명에 달한다.
5·16군사쿠데타 세력이 불법으로 입법권을 행사한 것은 국민주권주의 및 입헌민주주의에 정면으로 배치되는 것이다. 또한 「특수범죄처벌에관한특별법」이 제정 이전 행위에 대해 3년 6월까지 소급 적용을 하도록 한 것도 헌법에 위반된다. 특히 평화통일을 주장한 언론인과 정치인이나 6·25전쟁기 학살 사건의 진상 조사를 요구하는 유족들을 처벌한 조치는 심각한 국가범죄였다. 진실 · 화해를위한과거사정리위원회는 2006년 이래 ‘ 민족일보 조용수 사건’ 및 ‘5.16쿠데타 직후 인권침해 사건’의 진실을 규명하였고, 이러한 피해자들은 대부분 재심을 거쳐 무죄가 확정되었다.