1992년 말 평안남도 대동군에 건립된 개신교 교회로, 북한 당국의 토지 증여와 무이자 대부라는 후원으로 건립되었다. 1980년대 말 북한은 해외 방문자들에게 예배드릴 장소를 마련해 주고 북한에서도 종교의 자유가 보장된다는 것을 드러내기 위해서 1988년 1월에는 봉수교회를 11월에는 장충성당의 문을 열었고 이어 김일성과 그 가족들에게 특별한 의미가 있었던 칠곡교회를 재건하기로 결정했다. 칠곡교회는 김일성의 외할아버지인 강돈욱이 시무 장로로 재직한 교회이고, 어머니인 강반석이 태어나고 자라면서 다녔던 곳이며, 김일성 자신도 어렸을 때 이 교회에 다녔다고 한다. 부주석을 지낸 강양욱 목사 역시 어린 시절을 보낸 교회이기도 하다.
교회 건립을 위해 1989년 재일대한기독교회 총회가 1만 달러를 헌금했고, 1994년 1월 복음주의 계통의 부흥사인 빌리 그레이엄(Billy Graham)이 외국인으로서 처음으로 칠곡교회에서 설교했는데, 그는 김일성과 면담하고 클린턴 대통령의 친서를 전달한 후 김일성의 친서를 받아 클릴턴에게 전달하기도 했다.
칠곡교회의 설립목적은 북한 지역에도 종교적 자유가 보장된다는 것을 보여주는 대외적인 선전용이었지만, 한편 남한 및 서구 사회와 교류하며, 외부로부터 자금과 구호물자의 경제적 지원을 받아들이는 창구의 역할도 하고 있다.