1968년 8월 24일, 중앙정보부는 남조선해방전략당사건을 발표하였다. 이 사건은 통일혁명당 사건 발표 시 권재혁, 이일재 등 관련자들의 신상과 활동이 포함됨으로써 알려지게 되었다.
발표 내용 중 권재혁의 피의 사실은 ‘전략당 조직 총책’으로 되어 있었으며, 이일재 피의 사실은 ‘1967년 1월 권재혁과 지하당 조직을 모의하였으며, 1968년 전략당을 조직하고 지도원으로 활동한 것’으로 되어 있었다. 권재혁 등 13인을 30∽50여 일 동안 구금하면서 구타와 잠 안 재우기 고문 등을 통해 “국가 전복을 꾀하는 조직을 만들었다.”라는 자백을 받아 낸 결과였다.
같은 해 11월 권재혁 등 12인에 대한 국가보안법 위반 사건 공판이 시작되었는데, 주모자로 지목된 권재혁은 대법원에서 사형이 확정되어 1969년 11월 집행을 당하였다.
나머지 사건 관련자 12인도 무기징역~징역 7년을 각각 선고받고 복역하였으며, 대부분 후유증으로 인한 암 발병 등 여러 질병에 시달리거나 자살하는 등 극심한 고통 속에서 비극적으로 생을 마감하였다. 사건 관련자는 권재혁, 이일재, 이강복, 이형락, 노정훈, 김봉규, 박점출, 조현창, 김병권, 오시황, 나경일, 김판홍 등이다.
남조선해방전략당사건은 중앙정보부가 통일혁명당 사건을 수사하는 과정에서 불거졌다. 통일혁명당 김종태와 전략당 권재혁의 관계가 확인됨에 따라 수사를 확대한 결과물이었다. 사건 관계자 김병권의 증언에 따르면, 이들 스스로 ‘남조선해방전략당’이라는 이름을 사용한 적이 없으며, 이 명칭은 권재혁이 작성한 논문 제목을 참고해 중앙정보부가 지어낸 이름이라고 한다.
또한 자신들은 민족자주통일노선에 입각한 서클(circle) 수준의 활동가 조직이었으며, 현장 노동자를 기본으로 하는 조직 구성의 원칙에 따라 조직된 그룹이라고 밝혔다. 통일혁명당과는 1967년 여름경, 당 대 당 통합을 결의한 상태였다고 하였다.
2009년 4월 진실화해위원회는 이 사건에 대한 재조사 결과, 중앙정보부가 관련자들을 강제 연행, 불법 구금하면서 가혹 행위를 통해 허위자백을 받아 냈으며 반국가단체로 조작한 사실을 규명하였다. 2011년 1월 14일 사건 관계자로 연루된 이일재, 이강복, 이형락, 김봉규 등 4인이 법원의 재심 결과 42년 만에 무죄를 선고받았다.
이후 2014년 5월, 사건의 주모자로 알려진 권재혁에 대한 재심에서 대법원은 최종 무죄를 선고하였다. 또한 2015년에는 박점출, 김병권 등이 재심에서 최종 무죄 판결을 받아 냈다. 그 후 법원은 국가가 피해 유족들에게 배상하라는 판결을 함으로써 국가의 배상 책임을 인정하였다.