(사)궁중음식연구원은 1971년 1월 6일 중요무형문화재(현, 국가무형유산)로 ‘ 조선왕조 궁중음식’이 지정되면서, 제1대 기능 보유자로 한희순(韓熙順, 18891972) 상궁이 지정된 것을 계기로 같은 해 5월 15일 ‘조선왕조 궁중음식’의 전수 및 보급 활동을 목적으로 서울시 종로구 동대문종합상가 B동에 설립되었다. 설립 당시의 이사장은 황혜성(黃慧性, 제2대 기능 보유자, 19202006)이었다. 이후 (사)궁중음식연구원은 1981년에 강남구 신사동으로 옮겼고, 1983년에는 서초구 반포동으로 이전하였다. 1996년 12월 9일에 현재 위치한 종로구 원서동으로 이전하면서, 조선궁중음식전수관도 같은 곳에서 개설되었다. 2022년 현재는 3대 기능 보유자인 한복려(韓福麗, 1947~)가 궁중음식연구원의 원장을 맡아 운영하고 있다.
(사)궁중음식연구원은 설립 초기에는 교육 활동에 주력하였다. 이때 궁중음식의 강사는 한희순, 박창복(朴昌福), 성옥염(成玉艶)이 맡았고, 황혜성은 향토요리를 강의하였다. (사)궁중음식연구원은 교육 및 전수 활동뿐만 아니라, 조선왕조 궁중음식은 물론 한국의 전통음식 및 음식 문화 전반에 대한 연구 및 계승 활동을 지속해왔다. 구체적으로는 교육 이외에 궁중음식 관련 문헌 등의 발굴 및 연구, 조선시대 조리서 및 문헌에 나온 조리법의 복원, 조리서 및 연구서 출판, 전통음식 사진 자료의 수집, 정기 발표회, 전시회, 각종 행사나 음식 관련 콘텐츠에 대한 자문 및 고증 제공, 음식점의 신메뉴 개발 및 식품 회사의 제품 컨설팅 등의 분야에 주력하고 있다.
(사)궁중음식연구원의 대표적인 도서로는 『쉽게 맛있게 아름답게 만드는 떡』(1999), 『쉽게 맛있게 아름답게 만드는 한과』(2000), 『다시 보고 배우는 조선무쌍신식요리제법』(2001), 『다시 보고 배우는 산가요록』(2007), 『다시 보고 배우는 음식디미방』(2010), 『조선왕조 궁중음식-한희순 · 황혜성 · 한복려의 대를 잇는 중요무형문화재 38호』(2015), 『음식고전-옛 책에서 한국 음식의 뿌리를 찾다』(2016), 『가가호호요리책-잡지』(2016), 『수라일기』(2018) 등을 들 수 있다.
(사)궁중음식연구원은 조선왕조 궁중음식에 대해 깊이 있고 충실한 학문적 연구를 선도하는 한편으로, 전문 조리 인력과 일반인을 대상으로 실제적인 조리법의 교육 및 전수 활동을 꾸준히 지속하였다. 이를 통하여 조선왕조 궁중음식은 물론 한국의 전통음식과 음식문화를 계승, 보급하고 이에 대한 국내외의 이해와 관심을 높이는 데 기여해 왔다.