1993년 설립 당시의 목적은 아마추어 사진가 중심으로 구성된 한국사진작가협회와의 차별화였다. 다른 직업을 갖고 사진을 취미생활로 하는 아마추어 사진가들이 주도하는 한국사진작가협회는 전문 사진인들의 권익이나 사진문화의 발전에는 관심이 없다는 것이다. 이런 배경에서 공식적으로 이 단체는 전문 사진인들의 권익 보호와 사진계의 발전을 목표로 출범했다.
한국민족사진가협의회의 출범으로 사진단체는 전국적인 규모의 사진작가 조직인 한국사진작가협회와 분리되어 이분화의 길을 걷게 됐다. 사진가 홍순태가 1993년부터 1996년까지 회장직을 맡았으나 내부 사정으로 와해되어 1999년 문화체육관광부 소관의 사단법인으로 재출범했다. 법인의 대표자는 사진가 김영수로, 설립목적이 “한국사진문화의 정체성을 확립하고 민족사진문화 발전에 기여”하는 데 있다고 밝혔다. 주요 사업으로는 사진창작의 활성화, 사진교육의 전문화 및 보편화, 한국사진문화의 정체성 탐구 및 조사 연구, 사진전문지 발간 및 출판에 있음을 천명하였다.
2000년대 이후 다수의 기획전을 개최하는 한편 작품집 발간을 통해 활동을 이어나갔다. 전시와 주요 출판물로는 『광복 60년, 사진 60년』[2005], 『사람, 사람들』전[2006], 『사람과 이야기』[2006], 『한국사진의 재발견』[2006]을 비롯하여 김한용, 손규문, 안종칠, 이형록, 정범태의 사진을 모은 『한국사진과 리얼리즘: 1950-60년대의 사진가들』[2002] 등이 있다.
한국민족사진가협회는 한국민족예술단체총연합의 분과로 출범했다. 한국민족예술단체총연합의 현재 명칭은 한국민족예술인총연합에서 변경된 것이다. 이는 한국사진작가협의회가 한국예술문화단체총연합회의 분과인 구조와 같다. 한국민족예술단체총연합은 군부독재정권 시절 관변 단체의 성격이 짙었던 한국예술문화단체총연합과의 차별성을 분명히 하고 진보적 문화예술인들 중심으로 단체를 조직했으며 민족예술의 발전을 기치로 내걸었다.
한국민족예술단체총연합의 분과로 설립된 한국민족사진가협회도 민족주의 색채가 분명한 한국사진 문화의 발전을 위한 활동을 주로 펼쳤다. 한국 근현대사 관련 기록사진의 아카이빙, 연구가 제대로 이루어지지 않았던 원로 작가들의 작품집 발간, 해방 이후 한국 관련 다큐멘터리 사진 발굴 및 정리 사업 등을 통해 한국 사진문화의 정체성 탐구와 연구라는 설립 목적을 꾸준히 추구해 나간 것으로 평가받는다.