대한불교조계종 제17교구 본사인 금산사(金山寺)의 말사이다. 606년(진평왕 28) 혜공(惠空)이 창건하여 상주사(上住寺)라 하였고, 1362년(공민왕 11) 나옹(懶翁)이 중창하면서 현재의 이름으로 명명하였다.
그 뒤 1641년(인조 19) 취계(鷲溪)가 중수하였고, 1762년(영조 30) 학봉(鶴峯)이 중수하였다. 현존하는 당우로는 대웅전과 나한전 · 범종각 · 요사채 등이 있다. 1973년 전라북도(현, 전북특별자치도) 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 대웅전은 정면 3칸, 측면 2칸에 팔작(八作)지붕을 한 조선 중기 건물이다.
대웅전 안에 있는 2개의 업경대(業鏡臺)와 3개의 전패목(殿牌木)은 중창 당시의 것으로 전해지고 있는데, 특히 전패목의 용상조각은 섬세하고 정교하다. 나한전에는 석가모니불을 중심으로 한 삼세불(三世佛)과 16나한 · 사천왕상이 봉안되어 있다. 이 16나한의 봉안에 대한 설화가 전하고 있다.
1834년 임피현(臨陂縣 : 지금의 전북특별자치도 군산)의 수령으로 있던 민치록(閔致祿)의 꿈에 하얀 갓을 쓴 세 사람이 나타나서 “우리를 높은 곳으로 안내해달라.”고 하였다. 같은 꿈을 세번 꾼 뒤 관속들에게 현안의 특별한 일을 보고하도록 지시하였다. 며칠 뒤 서포(西浦)에 사공 없는 배가 한척 있는데, 그 안에 16나한이 실려 있다는 보고를 받았다. 민치록은 이들을 높은 곳으로 모시려고 궁리한 끝에 이곳 상주암에 봉안하였다고 한다. 이곳에 16나한을 모신 뒤 많은 사람들이 기도해서 소원을 성취하였다고 한다. 현재도 이 절은 나한기도처로서도 유명하다.