대한불교법화종에 속한다. 조선 후기 이후에는 원효(元曉)가 창건하고, 신라 이래 여러 번 주1 사찰로 전해졌다. 대웅전 상량문에 고려 충선왕(忠宣王, 재위 13081313) 1년(1309)에 회월선사(會月禪師)가 주2 기록이 있다고 전해진다. 조선 인조(仁祖, 재위 16231649) 4년(1626)과 영조(英祖, 재위 17241776) 9년(1733), 헌종(憲宗, 재위 18341849) 7년(1841) · 고종(高宗, 재위 1863~1907) 17년(1880)에 중수와 중건이 있었다. 송설호(宋雪虎)는 1950년대에 이곳에 와서 끊임없이 중건하여 이 절을 법화종에서 가장 큰 사찰로 만들었다.
현존하는 당우로는 대웅전을 비롯하여 명부전 · 나한전 · 칠성각 · 응향각(凝香閣) · 만세루 · 탐진당 · 광화문 · 범종루 · 주3 · 주4 등이 있다. 1974년에 경상남도 유형문화재(현, 경상남도 유형문화유산)로 지정된 통영 안정사 대웅전은 정면 3칸, 측면 3칸의 건물로 고려 공민왕(恭愍王, 재위 1351~1374) 7년(1358)에 조성한 삼존불이 봉안되어 있다.
조선 숙종(肅宗, 재위 16741720) 12년(1686)에 창건되어 헌종 7년(1841)에 중수된 누각인 만세루는 1985년 경상남도 문화재자료(현, 경상남도 문화유산자료) 지정되었으며, 나한전은 1626년에 원민대사가 중건한 정면 3칸, 측면 2칸의 건물로 석가모니불과 십육나한상 등 23구의 불상이 봉안되어 있다. 이 밖에도 만력(萬曆) 8년(1580)의 주5이 새겨진 동종과 숙종 28년(1702)에 조성한 33척(약 10m)의 안정사 영산회 괘불도가 2010년에 보물로 지정되었고, 효종(孝宗, 재위 16491659) 1년(1650)에 만든 원경(圓鏡)과 『금강경(金剛經)』 · 『삼돌경(三突經)』 등의 목판 31매 등이 있다.
또한, 대궐에서 하사받은 가마인 채여(彩輿)와 인수 · 궤 등의 유물을 보관하고 있는데, 여기에는 이 절의 소나무 숲을 둘러싸고 시비가 일어나자 왕실에서 주6 사람을 절에서 벌할 수 있도록 어패인 금송패(禁松牌)를 내린 경위가 전한다. 이 가운데 채여와 금송패는 1990년 경상남도 유형문화재(현, 경상남도 유형문화유산)로 지정되었다. 채여는 사람이 타는 가마가 아니라 불사(佛事)나 행사가 있을 때 불상이나 불경 혹은 다른 귀중한 불구(佛具)를 옮길 때 사용하던 것이다. 그리고 금송패는 왕실에서 임명한 산림 감시원의 신분증이다. 그러나 이 채여는 1993년 3월 13일에 후불화와 함께 도난당하고 없다.
부속암자로는 은봉암(隱鳳庵)과 의상암(義湘庵) · 가섭암(迦葉庵)이 있다. 은봉암은 신라 선덕여왕(善德女王, 재위 632647) 3년(634)에 징파화상(澄波和尙)이 창건하였다고 전해지고 약수가 유명하다. 의상암은 문무왕(文武王, 재위 661681) 3년(663)에 의상대사(義湘大師)가 천공(天供)을 받으며 좌선하였다는 의상선대(義湘禪臺) 아래에 있으며, 가섭암은 669년에 봉진(奉眞)이 창건하였다. 이 밖에도 원효암 · 천개암(天開庵) · 장의암(藏義庵) · 윤필암(潤筆庵) · 만리암(萬里庵) 등 많은 암자가 산재하였으나 지금은 절터만 남아 있다.
조선 후기에는 병영 사찰로 운영되어 안정사 승려는 유사시 남해안 방어에 동원된 것으로 보인다. 왕실과 국가를 위한 주7를 주8 1500년대의 의례집을 수차례 발간하여 소장하고 있다.