대한불교법화종에 속한다.
654년(태종무열왕 1)에 원효대사(元曉大師)가 창건하였고, 한때는 14방(坊)의 당우를 갖춘 전국 굴지의 사찰이었다. 1309년(충선왕 1)에 회월선사(會月禪師)가 중건한 뒤, 1626년(인조 4)과 1733년(영조 9), 1841년(헌종 7) ·1880년(고종 17)에 중수와 중건이 있었다. 송설호(宋雪虎)는 1950년대에 이곳에 와서 끊임없이 중건하여 이 절을 법화종에서 가장 큰 사찰로 만들었다.
현존하는 당우로는 대웅전을 비롯하여 명부전 · 나한전 · 칠성각 · 응향각(凝香閣) · 만세루 · 탐진당 · 광화문 · 범종루 · 천왕문 · 요사채 등이 있다. 통영 안정사 대웅전은 1974년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었으며, 정면 3칸, 측면 3칸의 건물로서 1358년(공민왕 7)에 조성한 삼존불이 봉안되어 있다.
1686년(숙종 12)에 창건되어 1841년(헌종 7)에 중수된 누각인 만세루는 1985년 경상남도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정되었으며, 나한전은 1626년에 원민대사가 중건한 정면 3칸, 측면 2칸의 건물로서 석가모니불과 16나한상 등 23구의 불상이 봉안되어 있다.
이밖에도 만력(萬曆) 8년(1580)의 명(銘)이 새겨진 아름다운 범종이 1990년 경상남도 유형문화재로 지정되었으며, 1702년(숙종 28)에 조성한 33척(약 10m)의 괘불이 1990년 경상남도 유형문화재로 지정되었고, 1650년(효종 1)에 만든 원경(圓鏡)과 『금강경(金剛經)』 · 『삼돌경(三突經)』 등의 목판 31매 등이 있다.
또한, 대궐에서 하사받은 가마인 채여(彩輿)와 인수 · 궤 등의 유물을 보관하고 있는데, 여기에는 이 절의 송림을 둘러싸고 시비가 일어나자 왕실에서 도벌자를 절에서 벌할 수 있게 어패인 금송패(禁松牌)를 내린 경위가 전한다. 이 가운데 채여와 금송패는 1990년 경상남도 유형문화재로 지정되었다.
채여는 사람이 타는 가마가 아니라 불사(佛事)나 행사가 있을 때 불상을 이운하거나 불경 혹은 다른 귀중한 불구(佛具)를 옮길 때 사용하던 것이다. 그리고 금송패는 왕실에서 임명한 산림감시원의 신분증이다. 그러나 이 채여는 1993년 3월 13일에 후불탱화와 함께 도난당하고 없다.
부속암자로는 은봉암(隱鳳庵)과 의상암(義湘庵) · 가섭암(迦葉庵)이 있다. 은봉암은 634년(선덕여왕 3)에 징파화상(澄波和尙)이 창건하였으며, 약수가 유명하다. 의상암은 663년(문무왕 3)에 의상대사(義湘大師)가 천공(天供)을 받으며 좌선하였다는 의상선대(義湘禪臺) 아래에 있으며, 가섭암은 669년에 봉진(奉眞)이 창건하였다. 이밖에도 원효암 · 천개암(天開庵) · 장의암(藏義庵) · 윤필암(潤筆庵) · 만리암(萬里庵) 등 많은 암자가 산재하였으나 지금은 절터만 남아 있다.
은봉암에 대해서는 다음과 같은 설화가 전한다. 옛날 이곳에는 자연석 세 개가 서 있었는데 그 중 한 개가 넘어진 뒤 해월선사(海月禪師)라는 도인이 나타났고, 또 한 개가 넘어진 뒤에 종열선사(宗悅禪師)라는 도인이 나타나 도를 통하였다. 그 뒤 이 돌들을 성석(聖石)이라 불렀는데 그 중 한 개만 남아 새로 나타날 도인을 기다리고 있다. 이 절 주위에는 은봉성석을 비롯한 벽발산팔경(碧鉢山八景)이 있다.