서울·부산·대구·광주·대전·수원의 6개 청이 있고, 고등법원 관할인 형사·행정·민사·가사 및 국가당사자 소송사건과 관할 지방검찰청 검사의 불기소처분에 대한 항고사건 등에 대한 검사의 사무를 통할하는 기관으로, 그 관할구역은 각각 대응하는 고등법원의 관할구역과 같다.
처음으로 독립 설치된 것은 1948년 8월로서, 서울과 대구에 2개청이 먼저 설치되었다가, 1952년 4월 광주청이, 1987년 9월 부산청이, 1995년 2월 대전청이, 2019년 수원청이 설치되어 6개 고등검찰청이 되었다.
차관급의 고등검찰청의 장인 고등검사장은 ① 판사·검사 또는 변호사의 직에 10년 이상 있던 자, ② 판사·검사 또는 변호사의 자격이 있는 자로서 국가기관, 국·공영기업체, 정부투자기관, 기타 법인에서 법률에 관한 사무에 10년 이상 종사한 자, ③ 판사·검사 또는 변호사의 자격이 있는 자로서 공인된 대학의 법률학 조교수 이상의 직에 10년 이상 있던 자 가운데서 임명한다.
그리고 고등검찰청에는 기관장인 고등검사장, 부기관장인 차장검사와 고등검찰청의 규모에 따라 4명 내지 14명의 검사 및 사무국이 있다.