검사가 소속된 관청을 검찰청이라고 한다. 검찰청에는 대검찰청, 고등검찰청 및 지방검찰청이 있다[「검찰청법」 제2조 제2항]. 2024년 현재, 대검찰청과 6개의 고등검찰청[서울, 대전, 대구, 부산, 광주, 수원], 18개의 지방검찰청이 있다.
고등검찰청은 고등법원에 대응하여 설치된다[「검찰청법」 제3조 제1항]. 이 조항은 법원에 대응하여 설치하는 대륙법계의 검찰 조직에서 유래한다. 지방법원은 지방검찰청과, 고등법원은 고등검찰청과, 대법원은 대검찰청과 대응한다는 것은 대륙법계 형사소송 구조의 특징 중 하나이다.
한국의 고등검찰청은 형식적으로 고등법원 소재지에 설치되나, 실제 업무나 기능은 고등법원과 관련이 크지 않다. 분권화된 조직과 권한을 특징으로 하는 대륙법계 검찰청과 달리, 한국의 검찰 조직은 검찰총장이 “검찰사무를 총괄하며 검찰청의 공무원을 지휘 · 감독”하고[「검찰청법」 제12조 제2항 후단], 대부분의 수사와 기소를 지방검찰청이 담당하기 때문이다. 고등검찰청은 불기소처분에 관한 검찰 내부적인 불복 장치인 검찰항고[「검찰청법」 제10조]를 처리하거나, 지방검찰청에서 직접 처리하기 어려운 업무[감찰 등]를 처리한다[「검찰청 사무기구에 관한 규정」 제11조]. 이 때문에 고등검찰청을 분권화하여 대륙법계 형사소송 구조를 취할 것인지, 아니면 고등검찰청을 폐지하여 지방검찰청 중심으로 검찰 조직을 운영할 것인지에 관하여 논란이 있다.