대한불교조계종 제13교구 본사인 쌍계사(雙磎寺)의 말사이다. 683년(신문왕 3)에 원효(元曉)가 이곳에 초당을 짓고 수도하면서 관세음보살을 친견한 뒤 산 이름을 보광산(普光山)이라 하고 초암의 이름을 보광사(普光寺)라 하였다.
그 뒤 이성계(李成桂)가 이곳에서 백일기도를 하고 조선왕조를 연 것을 감사하는 뜻에서 금산이라 하였고, 1660년(현종 1)에는 현종이 이 절을 왕실의 원당(願堂)으로 삼고 보리암이라 개액(改額)하였다.
그 뒤 1901년에 낙서(樂西)와 신욱(信昱)이 중수하였고, 1954년에 동파(東波)가 중수하였으며, 1969년에는 주지 양소황(梁素滉)이 중건하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 보광전(普光殿)을 비롯하여 간성각(看星閣) · 산신각 · 범종각 · 요사채 등이 있다. 국가유산으로는 큰 대나무 조각을 배경으로 좌정하고 있는 향나무 관세음보살상이 있다. 이 관세음보살상은 왼쪽에는 남순동자(南巡童子), 오른쪽에는 해상용왕을 거느리고 있는데, 김수로왕의 부인인 허씨가 인도에서 모셔왔다고 하나 신빙성이 없다.
삼층석탑은 신라석탑의 양식을 보이고 있어 신라석탑이라 부르고 있으나, 고려 초기의 작품으로 감정되고 있으며, 1974년 2월 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 보리암 앞 바위 끝에 세운 높이 165㎝의 이 탑은 상륜부에 보주(寶珠)만 놓여 있다. 이 밖에도 보리암 주위에는 원효가 좌선하였다는 좌선대를 비롯하여 쌍홍문(雙虹門) 등 38경의 경승지가 있다.