정동행성(征東行省)의 부속 관서(官署) 중 가장 강력한 기구였다. 그 소속 관원은 이문(理問) 2명(정4품), 부이문(副理問) 2명(종5품), 지사(知事) 1명, 제공안독(提拱案牘) 1명이 있었다.
정동행성에는 다른 행성(行省)과 같이 이문소(理問所), 도진무사(都鎭撫司), 유학제거사(儒學提擧司), 의학제거사(醫學提擧司), 권농사(勸農司)라는 부속 관서가 있었다. 그 중 이문소는 대원 관계 범죄를 다스리는 임무로 출발하였으나 차츰 부원 세력(附元勢力)을 규합하고 대변하는 역할로 그 성격이 변질되어 갔다.
즉 부원 세력의 권익을 옹호하여 전민(田民)의 침탈을 방조하였으며 이를 고려의 지방관이 다스리면 불법적으로 투옥 · 압박하였다. 예컨대 충목왕(忠穆王) 때 왕은 전토(田土)와 노비의 소유 관계를 바로잡기 위해 정치도감(整治都監)을 설치하여, 남의 전토를 빼앗고 불법을 자행한 기삼만(奇三萬)을 투옥하여 옥사케 하였다.
이에 이문소가 개입하여 30여 명의 정치도감관을 투옥함으로써 정치도감은 실제 활동을 시작한 지 2년만에 폐지되었던 것이다. 특히 이문소 관리들의 횡포와 전권(專權)은 고려 말에 이르러 더욱 심해져서, 1356년(공민왕 5)의 상표문(上表文)에서는 “정동행성의 관리들은 사람들의 거짓 호소를 듣고서는 여러 관청에서 판결한 문권(文卷)을 가로채어 시(是)를 비(非)라고 판정한다.”는 비난이 일어났다. 이 비난은 행성 관리 중에서도 주로 이문소의 관리에 해당하는 것이었다.
이에 원나라 세력을 배격하는 첫 번째 조처로 행성 이문소가 타파의 대상이 되어 1356년 5월에 폐지되었다.