1895년 4월 2일에 포달 제1호 궁내부 관제를 반포하였는데, 이때 회계원의 사무와 직제가 마련되었다. 이에 따르면 회계원에는 출납 · 검사 · 금고의 3사(三司)를 두고 왕실 경비의 예산 결산 보고, 재계(財計)의 검사와 보관 · 출입, 현금 등의 사무를 관장하게 하였다. 회계원장 1인은 칙임으로 회계원의 일을 맡아서 처리하고 소속 관리를 감독하였다.
출납사(出納司)는 왕실 경비의 출납과 예산 결산의 사무를 관장하였다. 출납사장은 주임이고 그 아래 판임의 주사 8인을 두었다. 검사사(檢査司)는 왕실 경비 출납과 예산 결산의 옳고 그름을 검사하는 일을 관장하였다. 검사사장 1인과 주사 3인을 두었다.
1895년 11월 일부 관제가 개정되어 회계원장은 회계원 경(卿)으로 고치고, 회계과 · 검사과 · 금고과 · 출납과의 4개 과(課)를 두었다 검사과와 출납과는 주임관인 과장을 두었지만 회계과와 금고과는 주사들이 업무를 맡도록 하였다.