갑오개혁으로 국가 재정과 왕실 재정이 분리되면서 왕실 업무를 담당하는 궁내부 산하에 설치된 관청이다. 1894년 7월 22일에 공포된 궁내부 관제에서는 조선 왕조 시대의 내수사(內需司)를 그대로 궁내부에 소속시켰다. 이후 1895년 4월 2일, 궁내부 관제를 개정할 때 내수사의 후신으로 내장원을 신설하고 그 산하에 보물사와 장원사를 두어 왕실의 보물을 보존하고 장원(莊園) 등 왕실 재산을 관리하게 하였다.
원래 일본과 개화 정권의 의도는 모든 재정을 탁지아문으로 일원화하여 왕실 재정을 제한하는 것이었다. 그러나 왕실의 반발을 고려하여 왕실의 사유재산을 내장원이 독자적으로 관리할 수 있게 한 것이다.
1895년 11월 10일에 다시 궁내부 관제를 개정할 때 내장사(內藏司)가 되었다가, 대한제국기에 황제권 강화와 함께 황실 재정이 팽창하면서 1899년 8월 22일에 다시 내장원으로 승격되었다. 이때부터 내장원은 본래의 왕실 재산뿐 아니라 삼정(蔘政), 광산 업무, 종목(種牧)까지 관장하면서 방대한 재원을 관리하였다.
대한제국기에 내장원은 역둔토 지주 경영뿐 아니라, 전국 각지의 영업 · 유통에 대한 각종 잡세 수입을 확대하고, 홍삼 전매 사업, 광산 경영에도 직접 관여하였다. 일제는 국권 침탈 과정에서 황제권을 축소하기 위하여 황실 재정 정리를 추진하였는데, 그 결과 1905년 3월 4일, 궁내부 관제 개정으로 내장원은 다시 내장사가 되어 황실의 보물 보관 업무만 맡고, 장원, 광업, 삼정 업무는 신설된 경리원이 맡게 되었다.