관제이정소는 1904년 10월, 일본이 고문정치를 시작하면서 대한제국 정부조직을 개편하기 위해 설치한 기구이다. 탁지부 고문인 메가타 다네타로와 농상공부 고문인 가토 마스오가 주도하여 대한제국의 정부조직을 대폭 축소하고 관원 수를 감축하면서 군부도 축소하는 것을 목표로 하였다. 특히 황제권을 제한하기 위해 대한제국기에 확대된 궁내부를 축소하고 의정부의 위상을 강화하려 하였다. 그 결과 1905년 2월, 군부 관제 개정을 시작으로 의정부, 표훈원, 중추원을 비롯한 각부 관제가 일제히 개정되었고, 3월에는 궁내부 관제가 개정되었다.
일본이 대한제국의 국권을 침탈하는 과정에서 고문정치를 시작하면서 관제 개혁을 명분으로 설치한 기구이다. 1904년 10월 27일, 임명된 관제이정소 의정관(議定官)을 보면, 의정부 참정, 찬정, 참찬과 각부 대신 및 협판, 궁내부의 회계원경과 특진관 뿐 아니라 탁지부 고문인 메가타 다네타로[目賀田種太郎]와 농상공부 고문인 가토 마스오[加藤增雄]가 포함되어 있었다.
즉, 일본의 고문들과 주한일본공사 하야시 곤스케[林權助]의 의도대로 관제이정소가 운영되었음을 알 수 있다. 관제 개혁의 목표는 경비 절감을 이유로 대한제국의 정부조직을 대폭 축소하고, 관원 수도 약 40% 가까이 감원하면서 군부 또한 축소하는 것이었다. 특히 황제권을 제한하기 위해 대한제국기에 확대된 궁내부를 축소하고 대신 의정부의 위상을 강화하는 것을 목표로 하였다. 그 결과 1905년 2월, 군부 관제가 개정된 것을 시작으로 의정부, 표훈원, 중추원을 비롯한 각부 관제가 일제히 개정되었고, 3월에는 궁내부 관제가 개정되었다.
일제는 황제권을 제한하기 위해서 의정대신에게 국무대신의 수반이라는 위상을 부여하였고, 정부대신들의 공동책임제를 강조하였다. 10월에 다시 개정된 ‘의정부 관제’와 ‘의정부회의규정’에는 의정부에서 다루는 군국(軍國)에 관한 중요 사항과 법률 · 칙령의 제정, 폐지, 개정에 관한 사항은 중추원에 자문을 구한 뒤 황제에게 알린다는 규정이 삽입되었다.
중추원 자문을 의무화함으로써 황제가 일방적으로 중요 국사를 결정하지 못하게 한 것이다. 또 황제가 재가할 의사가 있으면 의정부회의의 결과와 상관없이 재가할 수 있다는 종래의 규정이 폐지되고 안건을 재가하지 않을 권리가 있다는 소극적인 거부권으로 황제권이 축소되었다.