1885년(고종 22)에 설치되어 갑오개혁 이전까지 개화 · 자강 사업을 담당하였던 관청이다. 개항 이후 개화 정책을 추진하기 위하여 1880년에 설치된 통리기무아문이 1882년 임오군란 이후 외교 통상을 담당하는 통리아문( 통리교섭통상사무아문)과 통리내무아문(통리군국사무아문)으로 분리되었다가 갑신정변으로 폐지되었다.
내무부는 갑신정변 이후 다시 고종이 발의하여 대궐 안에 설치한 기구로서, 통리군국사무아문의 후신이라 할 수 있다. 군국(軍國) 사무를 총괄하고 궁내(宮內) 사무를 겸관하는 국왕 직속기구로서, 청나라의 내정 간섭을 피해 고종이 주도적으로 부국강병과 자주 외교를 추진하기 위하여 설치하였다.
내무부는 앞서 통리기무아문 계통의 기구들이 그러하였듯이, 기존의 의정부 · 6조 체제와는 별도로 각종 근대화 관련 업무를 수행하면서 이 시기 국정 운영을 총괄하였다. 산하에 직제사(職制司), 수문사(修文司), 지리사(地理司), 농무사(農務司), 군무사(軍務司), 전헌사(典憲司), 공작사(工作司) 등 7개사를 두고 국정 전반을 관장하였다.
1880년대 중반 이후 근대화 정책을 추진하기 위해 설립된 상리국, 전환국, 전운국, 전보국, 광무국, 기기국, 육영공원, 농무목축시험장, 연무공원 등도 내무부가 관장하였으며, 국정 운영에 관한 실질적인 최고 의결 기구였다.
홍삼 전매와 화폐 주조, 광산 개발 등을 통해 재정을 확보하고, 기선을 구입해서 조세곡을 운반하거나, 중앙 및 지방의 군제 개편, 미국인 군사 교관 초빙, 전신선 가설, 미국과 유럽 열강에 외교관 파견, 청나라와 국경선 획정 업무 등 청나라의 압박에서 벗어나 자주적인 외교를 시도하고 재정, 군사적으로 근대화를 추진하는 모든 업무를 담당하였다. 갑오개혁으로 정부 조직이 대대적으로 개편되면서 1894년(고종 31)에 폐지되었다.