임오군란 후 통리기무아문이 폐지됨에 따라 고종은 개화 · 자강 업무를 효율적으로 추진하기 위해 1882년 7월 25일에 기무처를 신설한 뒤, 11월 이를 통리아문과 통리내무아문으로 확대하였다가 12월 4일에 다시 그 명칭을 통리교섭통상사무아문과 통리군국사무아문으로 각각 바꾸었다.
백성에게 편리하고 나라에 이로운 편민이국(便民利國) 내정의 개혁을 담당한 통리군국사무아문은 의정부와 동일한 정1품아문으로서 정 · 종 1품의 독판(督辦), 정 · 종 2품의 협판(協辦), 정3품의 참의 등의 당상관과 당하관인 주사로 구성되었다.
설치 초기에는 이 · 호 · 예 · 병 · 형 · 공무(工務) 등 6무로 조직되었으나 1883년 8월 20일에 새로 마련된 분사장정(分司章程)과 사무 규칙에 따라 이용사(理用司) · 군무사(軍務司) · 감공사(監工司) · 전선사(典選司) · 농상사(農桑司) · 장내사(掌內司) · 농상사(農商司) 등 6사로 개편되었다. 재정 · 군사 등 국정 전반을 통괄하면서 개화 · 자강 업무를 효율적으로 추진하기 위해 6무 체제를 6사 체제로 개편한 것이다.
통리군국사무아문은 당오전 주조 · 광산 개발 · 포삼(包蔘) 관리 등 정부의 재정 확보책을 강구하는 한편, ‘편민이국’에 관계되는 기기국(機器局) · 전환국(典圜局) · 혜상공국(惠商公局)을 신설하는 등 개화 · 자강 사무를 추진하였다. 대청 외교 · 통상 문제를 전담하는 주진대원(駐津大員) 파견을 주관하기도 하였다.
민태호(閔台鎬) · 민영익(閔泳翊) · 민응식(閔應植) 등 민씨 척족과 윤태준(尹泰駿) · 이조연(李祖淵) · 한규설(韓圭卨) · 심상훈(沈相薰) 등 친민계 인사들에 의해 운영권이 장악된 통리군국사무아문은 갑신정변 직후인 1884년 10월에 폐지되었다가 이듬해 5월에 내무부로 개편되었다.