1894년(고종 31) 갑오개혁 때 근대적인 정부 조직으로 개편하면서 의정부 산하에 설치한 8개 아문 중 하나이다. 군국기무처는 1894년 6월 28일, 기존의 정부 조직을 국정 사무를 담당하는 의정부와 왕실 업무를 담당하는 궁내부로 크게 나누고, 의정부 산하에 내무 · 외무 · 탁지 · 군무 · 법무 · 학무 · 농상 · 공무아문 등 8개 아문을 설치하였다. 조선 왕조의 6조 체제를 8아문 체제로 개편한 것이다.
내무아문은 종래의 이조(吏曹)와 내무부(內務府), 제중원의 업무를 계승한 관서로서, 관원으로 대신 1명, 협판(協辦) 1명, 참의(參議) 5명, 주사 24명을 두었다. 산하에 총무국 · 판적국(版籍局) · 주현국(州縣局) · 지리국(地理局) · 위생국 · 사사국(寺祠局) · 회계국의 7개국이 있었다.
각 국의 담당 업무를 보면, 총무국은 각국 업무 외 서무를 관장하고, 판적국은 인구 호수(戶數) 및 생산물 조사를 담당하였다. 주현국은 각 지방을 감독하는 사무를 맡고, 위생국은 전염병 예방 및 의약, 우두(牛痘) 등에 관련된 업무를 담당하였다.
지리국은 국토 측량과 지도 제작, 도로 및 교량, 나루 등에 관한 업무를 하였으며, 사사국은 국가 전례로 제사를 지내는 대상인 악독(岳瀆)과 사찰, 신사(神祠)에 관한 업무를 관장하였다. 회계국은 내무아문의 출납 담당 부서였다. 참의 5명이 각국을 담당하되, 지리국과 사사국은 위생국장이 겸직하였다.
갑신정변 이후인 1885년 설치된 내무부가 개화 정책을 추진하면서 국정 운영 전반을 총괄해온 데 비하면 내무아문은 지방과 인민 통치에 관한 업무로 위상이 대폭 축소된 것이다. 1895년 4월의 관제 개편으로 의정부는 내각으로, 각 아문은 부(部)로 변경되었다. 이때 농상아문과 공무아문이 통합되어 농상공부가 되면서 7부체제가 되었다. 내무아문도 내부로 명칭이 변경되었다.