1894년(고종 31) 7월 22일에 제정된 궁내부 관제를 보면, 궁내부 관할 아래에는 승정원 후신으로 왕명 출납을 담당하던 승선원을 비롯하여, 경연청, 규장각, 통례원, 장악원, 내수사, 내의원, 사옹원, 상의원, 태복시, 명부사, 시강원, 내시사, 전각사, 회계사가 소속되었다.
1895년 3월에 내각제가 도입되면서 4월 2일, 궁내부 대신관방 아래에 시종원, 장례원, 규장원, 회계원, 내장원, 제용원 등 6원 체제로 축소되었다가, 을미사변 이후 일본세력이 퇴조하면서 11월 10일, 다시 관제를 개정하면서 원래 모습으로 복귀하였다. 대한제국기에는 황제권이 강화되면서 궁내부가 의정부를 대신하여 국정 운영의 핵심기구로 부상하였고, 각종 근대화 사업과 관련된 관서들이 궁내부 관할 아래에 설치되었다.
즉 비서원, 시종원, 홍문관, 장례원, 종정원, 돈녕원, 회계원, 태의원, 전선사, 봉상사, 상의사, 내장원, 주전사, 영선사, 태복사, 물품사 등 원래 황실 업무와 관련된 관서 외에 통신사, 철도원, 서북철도국, 광학국, 수륜원, 평식원, 수민원, 박문원, 예식원 등 근대적인 사업과 관련된 관서들이 궁내부에 설치되었다.
갑오개혁기에 왕권을 제한하기 위하여 설치한 궁내부가 대한제국기에는 오히려 강화된 황제권을 실현하는 기구로 변모한 것이다. 하지만 1905년 이후 일본이 대한제국에 대한 국권침탈 과정에서 황제권을 제한하기 위하여 다시 궁내부를 대폭 축소시켰다.