대한제국기에 수륜(水輪), 제언(堤堰) 등 관개시설을 설치하여 진황지(陳荒地)를 개간하는 업무를 맡은 궁내부 산하의 관서이다. 처음에는 1899년(광무 3) 1월 23일에 내장사 소속 수륜과로 설치되었다. 2월 7일에 반포된 ‘수륜과장정(水輪課章程)’에 의하면, 각관(各官) · 각영(各營) · 각사(各司) · 각부(各府) · 각군(各郡) 소속의 공토(公土) 등에서 황폐해진 땅에 수륜 등을 설치하고 개간하여 수륜과에서 관리하게 하였다.
수륜과의 과장은 개척한 곳을 수시로 순찰하였으며, 기사(技師)는 목공, 석공, 철공 업무와 물의 측정, 계산 등을 전담하는 기술자였다. 각부군(各府郡)에는 기술에 밝은 위원 약간 명을 과장이 추천하여 임명할 수 있었다. 위원은 각부군의 토지 형편을 검사하여 수륜과에 보고하고 개척 사무를 감독하였다.
민간에서 개간하고자 할 때도 수륜과의 허락을 받아야 하였고 개간한 땅에 부과하는 세금은 수륜과장이 과원(課員)을 파견하여 수취하였다. 1899년 8월 22일 내장사가 내장원으로 승격되면서, 8월 28일자로 수륜과는 내장원에서 독립하여 궁내부 직속이 되었고, 1902년 4월 11일에는 수륜원으로 승격되었다.
총재 1명, 부총재 1명을 증원하여 칙임관으로 임명하고 각 지방 관찰사에게 훈령할 수 있는 권한까지 부여하여 지위를 강화하였다. 8월 6일에는 수륜원 산하에 공상과(公桑課)를 설치하였다. 11월 19일 ‘수륜원장정’에 의하면, 개간한 땅에 뽕나무 심기와 양잠(養蠶)을 장려하면서 학도를 뽑아 6개월 단위로 2기에 걸쳐 관련 교육을 실시하고 우등으로 2기까지 마친 졸업생은 기수(技手)로 임용하였다. 개간한 땅에 대한 세금 수취 문제로 잡음이 많아 1904년 1월 11일 폐지되었다.