대한불교조계종 제6교구 본사인 마곡사(麻谷寺)의 주1이다. 고려시대에 창건된 것으로 추정된다. 『신증동국여지승람』에 사찰이 있었던 것으로 기록되어 있고, 1739년(영조 15)에 세운 중건비(雙溪寺重建碑銘)가 있는 것으로 보아 꾸준히 명맥을 이어 왔음을 알 수 있다. 중건비에 의하면 쌍계사는 일명 백암(白菴)이라고 하며, 고려 후기 행촌(杏村) 이암이 주2 주3 목은 이색이 연기문(緣起文)을 지었으며 1736년에 화재가 있었다. 이에 절의 승려였던 성능(性能)과 극찰(克察) 등이 중심이 되어 복구하였다.
현존하는 당우로는 1964년 보물로 지정된 논산 쌍계사 대웅전을 비롯하여 나한전(羅漢殿) · 명부전(冥府殿) · 칠성각(七星閣) · 봉황루(鳳皇樓) · 영명각(靈明閣) · 주4 등이 있다. 이 중 대웅전은 주5 · 봉설(鳳舌) · 용두(龍頭)의 장식과 문양이 화려하다. 대웅전 내부에 봉안된 삼존불 위에는 각기 다른 닫집을 달아 정교한 조각으로 장식하였고, 정면의 주6은 예술적 가치가 높다. 특히, 오른쪽 세 번째 기둥은 굵은 칡덩굴로 만든 것인데, 노인들이 이 기둥을 안고 기도하면 죽을 때 고통을 면하게 된다고 한다. 봉황루는 2층의 누각으로서 조선시대 후기에 건립한 고색이 짙은 건물이며, 영명각은 행정당국이 금강 유역을 개발하면서 연고가 없는 무덤의 혼백을 모아 주7 전각이다.
이 밖에 국가유산으로는 1984년 충청남도 문화재자료(현, 충청남도 문화유산자료)로 지정된 쌍계사 부도와 쌍계사 중건비명이 있다. 절 입구에 있는 부도는 취봉당혜찬대사지도(翠峰堂慧燦大師之屠) 등 9기가 있는데, 대부분이 석종형(石鐘形)이고 주8이 있는 것도 있다. 또, 중건비는 자연석 기단 위에 장방형의 주9이 있는데, 김낙증(金樂曾)이 주10 이화중(李華重)이 글씨를 쓰고 김낙조(金樂祖)가 새긴 것이다.