송곡서원은 1694년 유방택 등을 추모하기 위하여 충청남도 서산시 인지면에 설립한 서원이다. 서산 지역에서 최초로 건립된 원사이다. 당초 서령 유씨 유방택·유백유 부자와 서산 정씨 정신보·정인경 부자를 제향하는 향현사인 송곡사로 불렸다. 18세기 말부터 경주 김씨, 광산 김씨, 남원 윤씨 인물을 합향하여 모두 9위를 제향하였다. 1868년 훼철되었고, 1910년에 복설하였다. 1949년, 1957년, 1964년, 1978년에 중수를 거쳤다. 1984년 5월 17일 충청남도 문화유산자료로 지정되었다.
송곡서원은 서산 지역 최초의 원사로서 토성인 서령 유씨와 서산 정씨가 건립을 주도한 향현사(鄕賢祠)였다. 각 기록마다 송곡사(松谷祠), 송곡향현사(松谷鄕賢祠), 송곡사우(松谷祠宇), 인현서원(仁賢書院) 등으로 불렸으며, 건립 연대도 상이하다. 그러나 대체로 1694년(숙종 2)에 류방택(柳方澤, 1320~1402) · 유백유(柳伯濡) 부자, 정신보(鄭臣保, ?1261) · 정인경(鄭仁卿, 12411305) 부자 등 서령 유씨와 서산 정씨의 입향조와 현조(顯祖)를 제향하는 향현사의 성격으로 건립되었다.
1719년(숙종 45)에 유숙(柳淑, 1324~1368)과 김홍욱(金弘郁, 1602∼1654)을 제향하는 성암서원(聖巖書院)이 건립되고, 1721년(경종 1)에 사액을 받으면서 송곡사의 기능과 영향력은 크게 위축되었다. 이후 1729년(영조 5)에 성암서원이 훼철되면서 유숙과 김홍욱을 송곡사로 합사하였으나 1741년(영조 17)의 훼철령으로 송곡사도 철거되었다. 1753년(영조 29) 송곡사가 복설되고, 1760년(영조 36) 성암서원도 복설되면서 다시 송곡사의 위상에도 영향을 주었다.
이런 분위기 속에서 1796년(정조 20) 12월 덕산[현 충청남도 예산군] 유림들이 단구자 김적(金積, 1564~1646)을 송곡사에 제향하자는 의견을 발의하였고, 향내와 도내의 공론이 일어나 1797년(정조 21) 2월에 위패를 봉안하였다. 이후 김적의 후손들은 매년 20꿰미의 돈을 보내어 춘추향사에 사용토록 했으며, 1804년(순조 4)에는 서원 인근에 전답 20마지기를 매득하여 송곡서원에 위답(位畓)으로 주었다. 1729년 내지 1796년을 기점으로 송곡사는 경주 김씨 김적 · 김홍욱 부자를 추향하면서 인정서원 내지 송곡서원으로 불리며 향내에서는 서원으로 인식되었던 것으로 보인다.
1813년(순조 13) 김위재(金偉材, 1701~?), 1832년(순조 32) 유백순(柳伯淳), 유윤(柳潤, ?1476)이 추향되었다. 김위재는 김장생의 6세손으로 형조참판 김운택(金雲澤, 16731722)의 아들이며, 정호(鄭澔, 1648~1736)의 문인이다. 광산 김씨 서산 입향조로서, 신임사화로 신지도에 유배된 후 영조 즉위 후 사면되었지만 서산에 낙향한 후 사환하지 않았다. 유윤은 단종이 폐위된 후 관직을 버리고 청주 무동에 들어가 은거하였다. 유백순은 유백유의 동생으로 성균관대사성을 지냈다. 윤황(尹璜)의 추향 연대는 알 수 없지만 조선 건국 당시 두문동에 은거한 윤황의 절의와 행적이 정조대에 알려지면서 1798년(정조 22) 충간(忠簡)이라는 시호를 받았다.
현재 제향 인물의 위차(位次)는 정신보, 정인경, 류방택, 윤황, 유백유, 유백순, 유윤, 김적, 김위재 순이다. 그러나 『열읍원우사적(列邑院宇事蹟)』에는 류방택을 주향(主享)으로 정신보를 병향(並享)하고, 정인경과 유백유를 배향(配享)했다고 전한다.
1868년(고종 5) 서원훼철령으로 훼철되었다. 1882년(고종 19)에 복설을 추진했으나 성사되지 못하였고, 1910년에 유림 유양목(柳瀁穆) 등에 의하여 9현의 위패를 다시 봉안하였다. 1935년 유양학이 송곡서원의 부족한 재정을 충당하기 위해 전답을 희사하고 제기 등을 마련하였는데, 이를 기념한 유양학의 기적비가 남아 있다. 1949년, 1957년, 1964년, 1978년에 중수가 있었는데, 1957년에 세워진 중건 기적비가 남아 있다.
경내의 건물로는 3칸의 사우(祠宇), 중앙의 신문(神門)과 양 옆 협문(夾門)으로 된 내삼문(內三門), 각 3칸의 동재(東齋)와 서재(西齋), 외문(外門) 등이 있다. 사우에는 서편에서부터 정신보, 정인경, 유방택, 윤황, 유백유, 유백순, 유윤, 김적, 김위재의 순으로 위패가 봉안되어 있다. 재실은 제반 행사 때 유림들의 회합장소 및 제향시 제관들의 숙소와 유생의 강학 장소로 사용되고 있다. 매년 음력 2월과 8월 마지막 정일(丁日)에 향사를 지내고 있으며, 제품은 7변(籩) 7두(豆)이다. 1984년 5월 17일 충청남도 문화유산자료로 지정되었다.