지역의 서원으로서 후학 양성 및 선현에 대한 추모를 이어오던 중, 서원훼철령으로 1871년 훼철되었다. 광복 이후 충청북도지사 정낙훈과 청원군수 서정국의 주도로 복원되었고, 1985년 유림의 협력으로 중건되었다.
신항서원은 조선 후기 청주 지역 후학들의 학문과 교화를 책임지던 곳이자, 지역 사족의 공론이 모이던 곳이었다. 신항서원에서 있었던 위차(位次) 논란은 친 송시열계와 반 송시열계의 정쟁으로 비화되었는데, 이는 그만큼 신항서원이 중요한 곳이었음을 보여주는 사례라 할 수 있다.
1984년 충청북도 기념물로 지정되었다. 현재도 지역 문화 프로그램 등을 실시하며 조선시대부터 이어진 공론의 결집처로서의 면모를 이어가고 있다.