전세(田稅)와 대동미(大同米) 등 세곡의 징수와 운송, 수납을 관리하기 위해 1883년(고종 20)에 설치된 부서이다. 전운서의 책임자는 전운사였다.
고부 농민 봉기 직후인 1894년(고종 31) 2월에 백산으로 이동한 전봉준은 동학농민군들에게 함열의 조창에 나아가 전운영을 격파하고 전운사를 처벌할 것을 촉구하였다. 황현은 조필영이 전운사로 부임한 뒤 명목을 추가하고 세금에 세금을 가산하여 3년의 짧은 기간에 일약 소론갑부가 되었다고 평가하였고, 전라감사의 군사마인 최영년도 고부 농민 봉기는 전운사의 무분별한 징수에서 기인한 것으로 규정한 바 있다. 농민군 지도부에 있던 오지영도 봉기의 발단이 된 전운영 혁파 요소를 구체적으로 언급하였다.
농민군들은 1차 봉기 직후 전주 화약 당시 27개 조의 ‘ 폐정개혁안’을 제출하였는데, 그 첫 번째 조항이 ‘전운소를 혁파할 일’이었다. 당시 주한일본공사관의 기록에 따르면 전라도 전역을 관장하는 ‘민군의 수령’ 즉, 전봉준으로 추정되는 인물이 관하 각 군현의 농민군에게 전운영을 파괴할 것을 지시한 것으로 되어 있다. 이후에도 농민군들은 전라감사에게 13개 조의 요구 사항을 보냈는데 그중 전운서를 혁파하고, 각 포구에서 사사로이 쌀을 교역하는 일을 엄금할 것을 주장하였다. 조필영은 파면되어 강진현 고금도에 유배되었다가 이듬해 석방되었다.