1948년 정부 수립 후 해무청 설치 전까지 해운 관련 업무는 정부조직법[1948.7.17, 법률 제1호]에 따라 교통부 해운국에서 담당하였고, 지방교통관서설치법[1949.2.15, 법률 제20호]에 따른 지방행정조직으로 부산 · 인천 · 군산 · 목포 · 여수 · 통영 · 포항 · 제주 · 마산 등 9곳에 해사국, 삼척에 운수국이 있었다. 그러나 해운 외에 철도 · 도로 등 육운과 항공까지 총괄하는 교통부 체제상 해운 업무는 상대적으로 소홀히 다루어질 수밖에 없었다. 해운과 항만, 수산 및 해양 경비 업무 전담 기관의 필요성이 증대함에 따라 1955년 2월, 상공부 산하 독립 외청으로 해무청이 발족하게 주1
해무청은 수산 · 조선 · 해운 · 항만 공사와 일반 항만 및 해양 경비 업무를 총괄하는 강력한 해양수산 통합행정조직으로 출범하였다. 해무청은 하부조직으로 수산과 해양경찰을 담당한 수산국[어정과, 어로과, 해양경비과], 해운과 조선을 담당한 해운국[감리과, 해사과, 조선과], 항만을 담당한 시설국 3국 체제를 갖추었다. 그 외에 산하기관으로 중앙수산시험장과 지방 해무청(부산 · 인천 · 군산 · 목포 · 여수 · 포항 · 제주 · 묵호)이 있었다. 신설 후 해무청은 1957년부터 1961년까지 5개년 계획에 따라 노후선박 대체, 항만시설 축조, 인천항 제2부두 축조, 항만 준설 등의 사업을 추진하기도 하였으나 대부분의 경우 예산 부족으로 큰 성과를 거두지는 주2
해무청은 5·16 쿠데타로 집권한 박정희 군사정부의 기구 개혁으로 1961년 10월 해체되었다. 당시 해무청장 이각순은 해무청 해체가 업무의 위축과 약화를 초래할 것이고 일본이 그것을 좋아할 것이라며 반대했으나, 정부는 영세 어민의 복지 향상을 기구 개편의 명분으로 주3 그에 따라 해무청이 담당했던 수산 · 해운 · 항만 · 해양경비 업무는 각각 농림부 · 교통부 · 국토건설청 · 내무부로 귀속되었고, 기존의 해양수산 통합관리 체제는 부문별 관리체제로 전환되었다. 이후 수산 업무는 한일협정 체결 직후인 1966년 1월에 출범한 수산청으로 주4