지리산이 갖는 의미와 상징성을 고려하여, 지리산은 1930년대에 국립공원의 후보지로 선정되었다. 1963년 구례군민들이 결성한 지리산개발추진위원회와 재건국민운동본부가 건의서와 보고서를 바탕으로 지리산의 국립공원 지정을 요청했으나, 당시에는 추진되지 않았다.
이후 1965년 국립공원 추진 관련 업무부서인 공원과가 설립되면서 지리산의 국립공원 지정은 탄력을 받기 시작한다. 지리산개발추진위원회는 이를 기회로 추진 운동을 재개하여 1966년 3월 두 번째 건의서를 정부에 제출하였고, 같은 해 6월부터 지리산 국립공원 기본조사가 실시되었다. 1967년 「공원법」의 제정과 지리산 국립공원 기본조사에 대한 보고서가 발간되며 국립공원 지정을 위한 토대가 마련되었다. 1963년부터 이어진 구례군민들의 노력을 통해 1967년 11월 지리산의 1호 국립공원 지정이 결의되었고, 몇 차례의 회의를 거쳐 마침내 1967년 12월 29일 지리산이 대한민국 최초의 국립공원으로 지정되었다.
지리산은 1967년 12월 29일 국립공원 제1호로 지정되었다. 1971년 2월 9일 전라남도관리사무소가 개소하였고, 같은 해 6월 10일 전라북도관리사무소와 경상남도관리사무소가 개소하였다. 1998년 12월 18일 지리산국립공원사무소가 통합되었고, 구례군에 남부사무소와 남원시에 북부사무소를 운영하고 있다. 지정 면적은 483.022㎢이다.
우리나라 제2의 고봉인 천왕봉에서 노고단(1,507m)으로 이어지는 25.5㎞ 구간의 주능선에 주4 · 토끼봉 등의 고산 준봉이 10여 개나 있으며, 85개의 크고 작은 봉우리들이 있다. 지리산의 너른 품안에는 1,500m가 넘는 20여 개의 봉우리가 천왕봉, 반야봉(1,732m), 노고단의 3대 주봉을 중심으로 병풍처럼 펼쳐져 있으며, 이들 봉우리로부터 20여 개의 긴 능선이 형성되었다.
능선 사이사이에는 주5, 주6, 주7, 주8, 주9 등 큰 계곡이 있으며, 아직도 이름을 얻지 못한 봉우리나 계곡이 많다. 이 골짜기들은 대부분 길이가 10㎞를 넘으며, 해발고도 700∼800m까지는 경사가 완만하다가 그 이상의 고도부터는 급경사를 이룬다. 지리산은 화강암으로 이루어진 설악산과 달리, 수분이 침투하기 어렵고 매우 단단한 주10을 주11으로 하기 때문에 풍화와 주12에 의해 만들어진 주13을 보기가 어렵다.
지리산의 수계는 크게 둘로 나뉜다. 하나는 전라북도 진안군에서 발원한 섬진강 수계로, 지리산 서사면과 남사면에서 발원하는 하천들이 섬진강으로 합류한다. 다른 하나는 지리산의 북사면과 동사면에서 흘러내리는 낙동강의 지류인 남강의 상류부로서 함양군과 산청군을 흐른다. 이들 강으로 흘러드는 화개천 · 연곡천 · 경호강 · 동천 · 주14 등 10여 개의 하천이 있으며, 맑은 물과 아름다운 경치로 ‘지리산 12동천’이 구성된다.
지질 기반이 주15의 화강암이기 때문에 침식을 강하게 받아 주능선을 경계로 좌우에 많은 계곡과 폭포들이 형성되었다. 그리하여 주16 · 주17 · 칠선계곡 · 한신계곡, 불일폭포 · 구룡폭포 · 용추폭포 · 칠선폭포 등이 절경을 이루고 있다.
지리산에는 포유류 40여 종과 조류 90여 종을 포함하여 870여 종의 다양한 동물이 서식하고 있다. 지리산에 서식하는 반달가슴곰( 천연기념물, 1982년 지정)을 비롯하여 사향노루(천연기념물, 1968년 지정), 하늘다람쥐(천연기념물, 1982년 지정), 수달(천연기념물, 1982년 지정) 등은 천연기념물로 지정되어 있다. 또한 1,100여 종의 식물이 서식하는데 그 가운데 천왕봉 일대의 주18와 주19, 세석평전의 주20 군락, 피아골의 주21, 노고목과 고사목 등이 유명하다.
일부 조사에 따르면 지리산에는 1,800종 이상의 식물들이 잠재적으로 분포하는 것으로 알려져 있다. 국립공원의 생태를 대표하는 주22은 반달가슴곰과 히어리이다. 반달가슴곰은 멸종위기 야생생물 Ⅰ급으로 지정되었다. 히어리는 한국 특산식물로 지리산 국립공원의 구례 천은계곡, 산청 주23, 하동 대성계곡, 남원 뱀사골계곡 등 저지대에서 관찰된다. 화엄사 입구에는 수령 300년이 넘은 올벚나무가 1962년 천연기념물로 지정되었다. 노고단과 만복대 일대는 사향노루의 서식지로 보호되고 있다.
지리산의 영봉인 천왕봉에는 1,000여 년 전에 성모사란 사당이 세워져 성모석상이 주24, 노고단에는 신라 시대부터 선도성모를 모시는 남악사가 있었다. 반야봉, 종석대, 영신대, 노고단과 같은 이름들도 신앙을 상징한다. 지리산에서는 장소를 대표할 열 가지의 볼거리를 선정하여 지리산 10경으로 부른다. 지리산 10경에는 노고단 운해, 피아골 단풍, 반야봉 낙조, 섬진강 청류, 벽소령 명월, 불일폭포, 세석 철쭉, 연하 선경, 천왕봉 일출, 칠선계곡 등이 포함된다. 세석평전에서는 매년 5월이면 철쭉제가 열리고 4월에는 거자수나무에서 받은 수액으로 지리산약수제를 주25인 4월 20일을 전후하여 지낸다.
우리나라 불교 31본산의 하나인 화엄사를 비롯하여 쌍계사, 대원사, 연곡사, 천은사 등의 사찰도 많이 있다. 화엄사 경내에는 우리나라 3대 목조건물 가운데 하나인 각황전(국보, 1962년 지정)과 동양 제일의 석등인 각황전 앞 석등(국보, 1962년 지정), 불국사의 다보탑과 쌍벽을 이루는 사사자 삼층석탑(국보, 1962년 지정) 등이 있다.
지리산 국립공원에는 3개의 공원사무소가 있다. 지리산국립공원경남사무소는 경남 산청군, 지리산국립공원전북사무소는 전북 남원시, 지리산국립공원전남사무소는 전남 구례군에 위치하고 있으며, 각각 5개, 2개, 2개의 분소를 가진다. 탐방안내소는 3개 도에 하나씩 분포한다.
대피소는 총 8곳으로 연하천대피소, 피아골대피소, 노고단대피소, 로타리대피소, 세석대피소, 치밭목대피소, 벽소령대피소, 장터목대피소가 있다. 뱀사골대피소는 2007년 폐쇄되었다.
탐방 코스는 16개 코스가 개설되어 있다. 여기에는 구룡계곡 코스, 삼신봉 코스, 뱀사골계곡 코스, 정령치∼바래봉 코스, 만복대 코스, 화엄계곡 코스, 피아골 코스, 반야봉 코스, 불일폭포 코스, 중산리(장터목) 코스, 중산리(칼바위) 코스, 백무동∼중산리 코스, 백무동 코스, 거림 코스, 유평(대원사) 코스, 노고단 코스 등이 포함된다.
통영대전고속도로, 순천완주고속도로, 광주대구고속도로 등을 통한 접근성이 향상되어 매년 방문객이 증가하고 있다. 대중교통으로는 구례공영버스터미널, 화개시외버스공용터미널, 청학동시외버스정류소, 중산리시외버스정류소, 백무동시외버스정류소, 거림시외버스정류소, 남원공용버스터미널에서 각 코스의 출발 지점까지 운행되는 교통편을 통해 접근할 수 있다. 성삼재에는 넓은 주차장과 휴게소가 조성되어 있으며, 성삼재휴게소와 주26을 오가는 관내 버스가 운행되고 있다.
국립공원 탐방 코스 외에도 지리산을 대표하는 도보여행길인 지리산 둘레길이 있다. 지리산 둘레길은 지리산의 옛길, 고갯길, 숲길, 강변길, 논둑길, 농로, 마을길 등을 환형으로 연결한 장거리 도보길이다. 가능한 옛길의 원형을 그대로 보존하는 방식으로 길이 정비되었다. 둘레는 약 800리(300km)이고, 지리산 주변의 3개 도(전북, 전남, 경남), 5개 시군(남원, 구례, 하동, 산청, 함양), 15개 읍면, 100여 개의 마을을 통과한다.
2008년 지리산 둘레길 시범 구간의 개방을 시작으로, 2012년 22개의 전 구간이 개방되었다. 2019년 목아재-당재 구간이 폐쇄되면서 현재 총 21개 구간이 운영되고 있다. 지리산 둘레길 안내센터는 총 8곳으로, 둘레길 곳곳에 분포한다. 안내센터에서는 구간지도, 지역 정보, 체험 프로그램 및 각종 전시를 제공한다.
3개 도에 걸쳐 자리한 지리산은 다양한 문화를 형성시키는 장소가 되었으며, 곳에 따라서는 같은 물줄기를 공유함으로써 행정 경계와 무관한 생활권을 형성하게 만들어 주기도 하였다. 하천을 따라 사람과 물자의 교류가 이루어지면서 하천의 수계를 따라 하나의 생활권이 이루어진 것이다.