대한불교조계종 제8교구 본사인 직지사(直指寺)의 말사이다. 676년(문무왕 16)에 의상(義湘)이 창건하였다. 1185년(명종 15)에 지눌(知訥)이 중창하였는데 지눌이 『화엄론』을 읽다가 오도한 사찰로도 유명하다. 또한, 이 절은 고려왕조의 사고(史庫)로 이용되기도 하였는데, 고려 말 왜구의 잦은 침략으로 1381년(우왕 7) 7월충주 개천사(開天寺)로 옮겼다.
1407년(태종 7) 교종에 예속되었고, 1569년(선조 2)에 중수하였으며, 임진왜란으로 불타버린 뒤 1791년(정조 15)에 중창하였다. 1882년(고종 19) 강주(講主) 금해(錦海)가 이 절에 머물러 있을 때만 하여도 극락보전(極樂寶殿)을 비롯하여 노전(爐殿) · 선당(禪堂) · 조실(祖室) · 범종각 · 나한전 · 보조영당(普照影堂) · 산신각 · 칠성각 · 운계암(雲溪庵) 등의 당우(堂宇)들이 있었고, 대중의 수효도 보문사에 50여 명, 운계암에 30여 명이 머물고 있었다고 한다. 그러나 그 뒤 황폐해진 것을 1926년에 주지 최성환(崔成煥)이 불전 및 승당을 중수하였고, 1967년에 주지 화운(華雲)이 보수, 단청하여 현재에까지 이르고 있다.
현존하는 당우로는 극락보전과 반학루(伴鶴樓) · 선방 · 조실 등이 있다. 극락보전은 정면 3칸, 측면 2칸의 맞배지붕으로 된 조선 후기 건물로서, 삼존불상과 탱화 8점이 봉안되어 있다. 탱화 중 2점은 1767년(영조 43)에 봉안한 것이고, 1점은 1830년(순조 30)에 제작한 것이다.
이 밖에 문화유산으로는 3층 석탑을 비롯하여 광배(光背) · 맷돌 · 범종 등이 있다. 이 중 3층 석탑은 1185년에 지눌이 중창할 때 세운 탑으로서 나한전 본존석가여래상의 표증석탑(表證石塔)이라 하며, 당시 경내의 운계암 뜰에 건립하였다. 규모가 작지만 석불을 만진 솜씨가 조밀하고 화려함을 엿볼 수 있다.