1894년 갑오개혁으로 대대적인 정부 조직이 개편되면서 실직한 고위 관료들의 대기 발령처로 중추원이 설립되었다. 이후 1895년 3월에 중추원이 새롭게 개편되면서 중추원 관제 및 사무장정이 제정되었다.
이때부터 중추원은 법률 칙령안과 내각에서 자문을 요청한 사항을 심의하는 업무를 맡게 되었다. 1894년 11월에 갑오개혁 전반기에 개혁을 주도하던 군국기무처가 폐지되면서 그 기능을 일부 계승한 것이다. 관원으로는 의장 1인, 부의장 1인은 칙임(勅任)이고, 의관은 50인 이하를 두었다.
1등 의관은 칙임, 2 · 3등 의관은 주임(奏任)으로 배정하였다. 그밖에 참서관 2인 이하는 주임, 주사 4인 이하는 판임(判任)이었다. 의장, 부의장, 의관은 내각회의를 거쳐 총리대신의 주천(奏薦)에 의해 칙선(勅選)으로 임용되었다. 임명 대상은 칙임관을 역임하였거나 국가에 공로가 있는 사람, 정치 · 법률 · 이재(利財)에 대한 학식이 풍부한 사람이었다.
하지만 중추원의 회의 결과에 상관없이 내각은 원안대로 시행할 수 있고, 긴급을 요하는 것은 중추원 자문없이 바로 발포할 수 있었으므로 중추원 자문은 형식적 절차에 불과하였다. 또한 중추원이 직접 인민의 건의서를 받거나 여론을 수렴하는 기능이 없었으므로, 1898년 독립협회와 만민공동회는 중추원을 개편하여 의회의 기능을 부여하는 운동을 벌였다.
그 결과 중추원 의관 중 반수를 독립협회에서 투표로 천거하는 개정안이 만들어졌으나, 곧바로 다시 의관 전원을 모두 정부에서 임명하는 것으로 바뀌었다. 1905년 일제의 국권 침탈 과정에서 관제 개정으로 의관이라는 명칭이 찬의(贊議), 부찬의(副贊議)로 개칭되고 인원수도 줄어들어 그 지위가 더욱 격하되었다.