1701년(숙종 27)에 주세곤(周世鵾)과 주선원(周善元, 1580∼1638)의 위패를 모시고, 후일 주각(周珏, 1646∼1710), 주재성(周宰成, 1681∼1743), 주도복(周道復, 1709∼1784)을 추가로 배향하였다. 1868년(고종 5)에 대원군의 서원 철폐령으로 훼철된 이후, 1971년에 무기연당(舞沂蓮塘) 남쪽에 충효사(忠孝祠)가 중건되었다.
기양서원의 주향인 주세곤은 주문보(周文甫)의 장남이자 주세붕(周世鵬)의 백형이다. 평생 학문에 전념하여 경사에 박통하였으며, 무예를 닦아 중종조에 무관으로 수의위교위(修義衛校尉)가 되었다. 주선원은 주세곤의 증손으로 장현광(張顯光, 1554∼1637)의 문하에서 수학하였는데, 학식이 깊고 덕행이 독실하여 장현광으로부터 ‘청음군자(淸陰君子)’라는 칭송을 받았다. 주각은 주선원의 손자로 지극한 효행이 조정에 알려져 통선랑 사헌부지평에 증직되었다.
국담(菊潭) 주재성은 주각의 아들이다. 이인좌 · 정희량의 난 때 의병을 일으켜 낙동강에 진출하여 영호(嶺湖)의 요새인 분치령(分峙嶺)을 방어하였다. 난이 평정된 뒤 고향에 돌아와 학문에 전심하여 후진 양성에 심혈을 기울였다. 1745년(영조 21)에 승정원 좌승지 겸경연 참찬관에 추증되었고, 1788년(정조 12)에 기양서원에 배향되었다. 주도복은 주재성의 장자로 아버지가 의병을 일으켜 이인좌의 난을 토벌할 때 아버지를 따라 출진하였고, 1859년(철종 10)에 조봉대부(朝奉大夫) 사헌부지평에 추증되었다.
본래 서원이 있던 무기연당 동북쪽 뒤편에는 현재 터만 남아 있고, 무기연당 내에는 연못을 중심으로 동서남북 방향에 풍욕루(風浴樓), 창정각(彰幀閣), 충효사, 하환정(何煥亭)이 위치하고 있다. 무기연당은 1984년 12월 24일에 국가민속문화재(현, 국가민속문화유산)로, 무기리 주씨고가(周氏古家)는 1985년 1월 14일에 경상남도 민속문화재로 각각 지정되었다.
주씨고가 내에는 주재성의 문집인 『국담집(菊潭集)』의 책판과 주도복의 문집인 『감은재일고(感恩齋逸稿)』를 소장하고 있다. 국담문집책판(菊潭文集冊板)은 1985년 1월 14일에 경상남도 유형문화재로 지정되었다.
상주(尙州) 주씨 문중서원으로 함안지역 문중서원의 대표적인 사례이다.