민족문제연구소는 1991년 2월 27일 강화도조약 체결일에 "1949년 친일파에 의해 와해된 반민족행위특별조사위원회[약칭 반민특위]의 정신과 친일문제 연구에 평생을 바친 고(故) 임종국 선생의 유지를 이어 가기 위해 설립되었다(창립선언문)"라고 명시하고 있다. 설립 목적은 한국 근현대사 민족 문제 연구와 해명, 한일 과거사 청산을 통한 역사 바로 세우기, 친일인명사전 등 친일문제연구총서 편찬, 통일시대 역사문화운동 등의 추진에 두고 있다.
친일 문제 연구에 주력한 임종국(1956~1989)의 뜻을 잇기 위해 1990년 연구소 설립 준비위원회를 구성하였고, 1991년 2월 27일 '반민족문제연구소'로 설립되었다가, 광복 50주년인 1995년 사단법인으로 전환하면서 '민족문제연구소'로 개칭하고 1996년 6월 13일 사단법인 설립 인가를 받았다. 국내에 28개 지부와 5개 지회, 해외에 독일지부, 일본 도쿄지회, 미국 워싱턴지부와 LA지부, 중국 광둥지부 등을 두고 있다.
설립 초기에 친일 문제에 집중하다가 전체적인 한일 관계의 문제로 활동 영역이 확장되었다. 한국 친일 관련 문제들을 연구하고 세계 각국의 식민지 청산 사례를 조사하는 학술 활동 외에 대중적인 역사문화운동을 병행하고 있다.
대표적인 활동 성과는 2001년 12월부터 2009년 11월 8일까지 '친일인명사전편찬위원회'를 출범시켜서 장기간 작업한 『 친일인명사전』(전3권, 2009)의 편찬이다. 여기에는 총 4,389명의 친일 행적이 수록되어 있다.
「일제강점하 강제동원피해 진상규명 등에 관한 특별법」, 「일제강점하 친일반민족행위 진상규명에 관한 특별법」, 「친일반민족행위자 재산이 국가귀속에 관한 특별법」' 등의 법 제정을 통한 과거사 청산을 주도했으며, 2000년 박정희기념관건립반대국민연대, 2003년 태평양전쟁피해자보상추진협의회(보추협), 2006년 야스쿠니반대공동행동 한국위원회, 2011년 역사정의실천연대, 2014년 한국사교과서 국정화 저지 네트워크 등의 활동을 전개하였다.
2005년 '임종국선생기념사업회'를 설립해 학술 · 문화와 언론 · 사회 두 분야에서 '임종국상'을 시상하고 있으며, 2012년 '신흥무관학교기념사업회'를 창립했고, 2018년 8월 29일 '식민지역사박물관'을 개관하였다. 식민지역사박물관은 최초의 일제강점기 전문 역사박물관이다.
한국 근현대사의 진실을 규명하는 기획의 일환으로 2012년 이승만, 박정희를 다룬 “백년전쟁: 두 얼굴의 이승만”, “백년전쟁: 프레이저 보고서, 누가 한국경제를 성장시켰는가” 다큐멘터리를 제작하여 보수적인 사관을 가진 뉴라이트와 이른바 ‘백년전쟁’ 논쟁이 일어나기도 하였다.
'내일을여는역사재단'과 함께 계간지 『내일을 여는 역사』를 발행해 왔으며 2017년 팟캐스트 '내일을 여는역사'를 운영하고 있다.
2021년 2월 27일 창립 30주년 민족문제연구소는 주요 활동을 '10대 뉴스'로 제시한 바 있다. 1) 『친일인명사전』 발간, 2) 한국사국정교과서 저지 투쟁과 촛불혁명, 3) 식민지역사박물관 개관과 근현대사기념관 운영, 4) 과거사 특별법 제정운동과 정부위원회 발족, 5) 일제강제동원 소송 지원과 대법원 승소, 6) 신흥무관학교와 3 · 1운동 등 독립운동 제자리 찾기, 7) 박정희기념관 건립 반대 등 회원들이 앞장선 친일청산 운동, 8) 근현대인물 DB 구축과 식민통치 기초사료 편찬, 9) 임종국상 제정과 그 수상자들, 10) ‘백년전쟁’, ‘안녕, 사요나라’ 등 역사다큐 제작 등이다.
민족문제연구소는 1993년 제3회 윤상원상 학술연구 부문 단체상, 2004년 제16회 심산상, 2005년 제19회 단재상, 제17회 안종필자유언론상 특별상, 2008년 제17회 참교육상, 2009년 한림기록문화상, 2010년 제21회 4월혁명상, 2012년 제7회 임창순 상 등을 수상한 바 있다.
한국에서 친일 문제 연구를 대표하는 연구단체로서 친일파를 비롯해 식민지 잔재의 청산과 한국 근현대사의 왜곡을 바로잡는 역사문화운동을 주도하고 있다. 『친일인명사전』은 친일의 기준과 범위에 대한 논란에도 불구하고 친일인사의 연구에 주요한 참조 자료가 되고 있다.