본관은 파평(坡平). 자는 가수(可守). 목사 윤탕(尹宕)의 증손으로, 할아버지는 첨정 윤응규(尹應奎)이다. 아버지는 예조참판 윤인함(尹仁涵)이다. 이이(李珥)·성혼(成渾)으로부터 수학하였다.
1592년(선조 25) 진사가 되고 1606년(선조 39) 식년문과에 갑과로 급제, 직장이 되었다. 그 뒤 금성군수로 선정을 베풀었고, 때마침 인근 고을의 원으로 있던 김장생(金長生)과 가까이 지냈다.
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